与水稻稻瘟病抗性基因Pigm紧密连锁的分子标记R060939.pdf

(19)中华人民共和国国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号CN109825619A(43)申请公布日2019.05.31(21)申请号201811471643.9(22)申请日2018.12.03(71)申请人中国农业科学院深圳生物育种创新研究院地址518108广东省深圳市大鹏新区大鹏街道办事处一楼1102室申请人深圳市华大农业应用研究院深圳华大生命科学研究院(72)发明人侯军亮伏琦董扬李泽桦李勇杨麒生喻涵(51)Int.Cl.C12Q1/6895(2018.01)C12N15/11(2006.01)权利要求书1页说明书7页序列表1页附图1页(54)发明名称与水稻稻瘟病抗性基因Pigm紧密连锁的分子标记R060939(57)摘要与水稻稻瘟病抗性基因Pigm紧密连锁的分子标记R060939。本发明提供了一种与水稻稻瘟病抗性基因Pigm紧密连锁的分子标记，该分子标记含有SEQIDNO：1所示序列。本发明还涉及扩增该分子标记的引物、该分子标记和引物在水稻稻瘟病抗性基因Pigm定位或水稻遗传育种中的用途，以及一种水稻育种方法。本发明的分子标记将基因组DNA序列与水稻稻瘟病抗性基因Pigm联系起来，有利于水稻分子标记辅助育种体系的建立；所述分子标记与水稻稻瘟病抗性基因Pigm紧密连锁。本发明的分子标记及分子标记扩增引物可以简便、快速、高通量地应用于水稻育种实践和资源及品种鉴定。CN109825619ACN109825619A权利要求书1/1页1.一种与水稻稻瘟病抗性基因Pigm紧密连锁的分子标记，其特征在于：所述分子标记含有SEQIDNO：1所示核苷酸序列；优选的，所述分子标记为SEQIDNO：1所示核苷酸序列。2.一种可用于扩增与水稻稻瘟病抗性基因Pigm紧密连锁的分子标记的引物对，其特征在于扩增的目标序列包含SEQIDNO：1所示序列；优选的，所述引物对的引物1包含SEQIDNO：2所示序列，引物2包含SEQIDNO：3所示序列；更优选的，引物1为SEQIDNO：2所示序列，引物2为SEQIDNO：3所示序列。3.一种与水稻稻瘟病抗性基因Pigm紧密连锁的分子标记，其特征在于：所述分子标记是由权利要求2所述的引物对以抗稻瘟病的水稻基因组DNA为模板经PCR扩增得到的。4.根据权利要求3所述的分子标记，其特征在于：所述分子标记含有SEQIDNO：1所示核苷酸序列；优选的，所述分子标记为SEQIDNO：1所示核苷酸序列。5.一种载体，其特征在于：含有权利要求1、3、4中任一项所述的分子标记。6.一种重组细胞，其特征在于：含有权利要求5所述的载体。7.权利要求1所述的分子标记的检测方法，包括步骤：根据权利要求1的分子标记的核苷酸序列设计引物，以被检测水稻基因组DNA为模板进行扩增，并判断扩增产物中是否存在该分子标记；优选的，所述引物为权利要求2所述的引物对。8.权利要求1、3、4中任一项所述的分子标记或权利要求2的分子标记引物对在水稻辅助育种或者水稻稻瘟病抗性基因Pigm定位或检测中的用途。9.一种水稻稻瘟病抗性基因Pigm定位的方法，其特征在于：所述方法包括使用权利要求1、3、4中任一项所述的分子标记或权利要求2的分子标记引物对的步骤。10.一种水稻辅助育种方法，其特征在于：所述方法包括检测权利要求1、3、4中任一项所述的分子标记或用权利要求2的分子标记引物对进行检测的步骤。2CN109825619A说明书1/7页与水稻稻瘟病抗性基因Pigm紧密连锁的分子标记R060939技术领域[0001]本发明属于分子生物学领域，涉及一种分子标记，特别是涉及一种与水稻稻瘟病抗性基因Pigm紧密连锁的分子标记。本发明还涉及扩增该分子标记的引物、该分子标记和引物在水稻稻瘟病抗性基因Pigm定位或水稻遗传育种中的用途。背景技术[0002]水稻稻瘟病(RiceBlast)是水稻的重要病害之一,该病害可引起水稻产量大幅度减产，严重时减产40％～50％，甚至绝收。稻瘟病的防治对于我国粮食安全的保障起着至关重要的作用。目前种植抗病品种是防治该病害最经济有效的措施，但生产上的抗病品种较少且许多抗病品种在推广种植3～5年后就丧失了抗稻瘟病抗性。因此，培育出具有持久广谱抗稻瘟病的水稻是确保水稻安全生产的重要手段。[0003]传统抗病育种是根据分离群体的表现和育种者的经验进行选择，通常受环境条件、显隐性关系、基因上位等因素的影响，费时、费力、不准确，具体地，针对抗稻瘟病育种，在常规育种实践中，一般通过田间稻瘟病病菌接种实验或者在稻瘟病易发区来鉴定材料的稻瘟病抗性，通过实验，根据植株菌斑面积和发病叶片数等信息来判定苗子的稻瘟病抗性级别，进行分级，从而选择具有稻瘟病抗性的材料。总之，从鉴定一个植物抗病种到培育出抗病良种需花费十多年时间，而病原菌一旦侵袭，其扩