用于鉴定水稻Pik座位多个稻瘟病抗性等位基因的功能标记组、引物组合及其应用.pdf

(19)中华人民共和国国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号CN114410819A(43)申请公布日2022.04.29(21)申请号202210069256.2(22)申请日2022.01.20(71)申请人天津市农业科学院地址300192天津市南开区航天道26号(72)发明人杨秀荣闫双勇李月娇孙淑琴李广胜(74)专利代理机构北京百欧知识产权代理事务所(普通合伙)11930代理人邹晓艳(51)Int.Cl.C12Q1/6895(2018.01)C12Q1/6858(2018.01)C12N15/11(2006.01)权利要求书3页说明书14页序列表9页附图2页(54)发明名称用于鉴定水稻Pik座位多个稻瘟病抗性等位基因的功能标记组、引物组合及其应用(57)摘要本发明公开了用于鉴定水稻Pik座位多个稻瘟病抗性等位基因的功能标记组，所述功能标记组为KASP功能标记组，包括功能标记MPik1、MPik2、MPik3、MPik4、MPik5，所述稻瘟病抗性等位基因包括Pi1、Pikm_TS、PiKs、PiKa、Pik、PiKp和Pi7。还公开了用于检测功能标记组的成套的KASP引物组及检测方法。通过在不同抗病等位基因及感病基因间进行多序列比对，从中筛选出可以用于区分Pik座位不同等位基因的SNP位点，在此基础上成功开发了可用于Pik座位抗感基因区分，以及不同抗性等位基因区分的功能标记组；用这些功能标记组可以准确区分不同的抗性等位基因，有重要育种应用价值。CN114410819ACN114410819A权利要求书1/3页1.用于鉴定水稻Pik座位多个稻瘟病抗性等位基因的功能标记组，其特征在于：所述功能标记组为KASP功能标记组，包括功能标记MPik1、MPik2、MPik3、MPik4、MPik5，所述稻瘟病抗性等位基因包括Pi1、Pikm_TS、PiKs、PiKa、Pik、PiKp和Pi7，标记MPik1、MPik2、MPik3、MPik4、MPik5检测的SNP/Indel位点基因型与等位基因的对应关系如下表所示：MPik1MPik2MPik3MPik4MPik5Pi1TAATTTPikm_TSTAATATPiKsTAATACPiKaCAAGATPikTAATATPiKpCGCGACPi7CAAGAC所述SNP/Indel位点的具体位置如下表中所示：标记编号分子标记类型物理位置差异碱基MPik_1SNPPi1基因序列的第2040位[T/C]MPik_2SNPPi1基因序列的第8824位[AA/GC]MPik_3IndelPi1基因序列的第489位[GC/T]MPik_4IndelPi1基因序列的第11284位[T/AA]MPik_5SNPPi1基因序列的第5419位[T/C]表中所述Pi1基因的核苷酸序列如SEQIDNO.16所示。2.用于检测权利要求1所述的功能标记组的成套的KASP引物组，其特征在于：由如下(1)‑(5)组成：(1)用于检测MPik1的KASP引物组：引物1、引物2和引物3，所述引物1为自5’端到3’端依次为标签序列A和序列表中序列1的第22‑44位的单链DNA，所述引物2为自5’端到3’端依次为标签序列B和序列表中序列2的第22‑44位的单链DNA，所述引物3为核苷酸序列如序列表中序列3所示的单链DNA；(2)用于检测MPik2的KASP引物组：引物4、引物5和引物6，所述引物4为自5’端到3’端依次为标签序列A和序列表中序列4的第22‑44位的单链DNA，所述引物5为自5’端到3’端依次为标签序列B和序列表中序列5的第22‑41位的单链DNA，所述引物6为核苷酸序列如序列表中序列6所示的单链DNA；(3)用于检测MPik3的KASP引物组：引物7、引物8和引物9，所述引物7为自5’端到3’端依次为标签序列A和序列表中序列7的第22‑42位的单链DNA，所述引物8为自5’端到3’端依次为标签序列B和序列表中序列8的第22‑41位的单链DNA，所述引物9为核苷酸序列如序列表中序列9所示的单链DNA；(4)用于检测MPik4的KASP引物组：引物10、引物11和引物12，所述引物10为自5’端到3’端依次为标签序列A和序列表中序列10的第22‑46位的单链DNA，所述引物11为自5’端到3’端依次为标签序列B和序列表中序列11的第22‑46位的单链DNA，所述引物12为核苷酸序列如序列表中序列12所示的单链DNA；(5)用于检测MPik5的KASP引物组：引物13、引物14和引物15，所述引物13为自5’端到3’2CN114410819A权利要求书2/3页端依次为标签序列A和序列表中序列13的第22‑42位的单链DNA，所述引物14为自5’端到3’端依次为标签序列B和序列表中序列14的第22‑40