KASP分子标记组合在大麦品种鉴定中的应用及其开发方法.pdf

(19)国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号CN114959088A(43)申请公布日2022.08.30(21)申请号202111639629.7(22)申请日2021.12.29(71)申请人江苏省农业科学院地址210014江苏省南京市钟灵街50号(72)发明人徐婷婷孟珊朱小品狄佳春朱银杨欣颜伟(74)专利代理机构焦作加贝专利代理事务所(普通合伙)41182专利代理师任昕(51)Int.Cl.C12Q1/6895(2018.01)C12N15/11(2006.01)权利要求书2页说明书9页序列表9页附图4页(54)发明名称KASP分子标记组合在大麦品种鉴定中的应用及其开发方法(57)摘要本发明提供了一种KASP分子标记组合在大麦品种鉴定中的应用及其开发方法，KASP分子标记组合有助于促进大麦育种和种质资源管理，开发方法包括：在染色体chr1H、chr2H、chr3H、chr4H、chr5H、chr6H和chr7H上抽取相同数量的标记；每个标记上下游200bp内，不能有别的标记存在；去除序列中N碱基含量较高的序列；本发明的用于区分大麦品种资源的大麦KASP分子标记组合，其能够有效区分不同来源的大麦品种，具有高度稳定性、准确性和低成本的特点，提高品种鉴定的效率、准确性，不受环境影响，适于大规模推广应用，补充大麦品种鉴定的分子标记库；标记开发的方法简单，设计巧妙，操作简便快捷。CN114959088ACN114959088A权利要求书1/2页1.KASP分子标记组合在大麦品种鉴定中的应用。2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于：所述KASP分子标记组合促进大麦育种。3.根据权利要求1所述的应用，其特征在于：所述KASP分子标记组合分别检测大麦的18个SNP位点；具体如下：4.根据权利要求1所述的应用，其特征在于：扩增KASP分子标记组合的每个KASP分子标记分别包括二条正向引物和一条反向引物，具体如下：2CN114959088A权利要求书2/2页5.一种KASP分子标记组合的开发方法，其特征在于：其包括如下步骤：(1)、在染色体chr1H、chr2H、chr3H、chr4H、chr5H、chr6H和chr7H上抽取相同数量的标记；(2)、每个标记上下游200bp内，不能有别的标记存在；(3)、去除序列中N碱基含量较高的序列。3CN114959088A说明书1/9页KASP分子标记组合在大麦品种鉴定中的应用及其开发方法技术领域[0001]本发明属于生物技术领域，具体涉及一种KASP分子标记组合在大麦品种鉴定中的应用及其开发方法。背景技术[0002]大麦(HordeumvulgareL.)属禾本科，是世界上最古老的作物之一，是居于水稻、小麦和玉米之后的第四大粮食作物，也是遗传学广泛应用研究的模式植物之一，主要用作粮食、饲料、啤酒原料以及医药、保健食品。在我国，大麦是藏族地区的主要粮食作物，并且中国还是世界最大的啤酒原料进口国。因此加强大麦遗传育种研究及新品种培育是我国大麦产业发展和藏区粮食安全的重要途径。[0003]目前大麦品种及纯度鉴定的方法主要是田间作物表型鉴定(形态标记)、种子同工酶和贮藏蛋白(生化标记)的检测和DNA分子标记检测[1‑3]。由于大麦品种类别增加及有些亲缘关系较近，难以用形态标记和生化标记快速地鉴别品种的真实性及纯度。因此，DNA分子标记在作物品种真实性鉴定中已得到广泛应用。常用的DNA分子标记主要有RFLP[4‑5]、RAPD[6‑9]、AFLP[10‑11]、SSR[12‑16]、SNP[14,17‑18]和InDel[19]。在大麦品种鉴定中，由于RFLP、RAPD、AFLP分子标记操作繁琐、稳定性差、周期长，难以在品种鉴定中广泛应用。常用的大麦鉴定的分子标记为SSR和SNP，SSR分子标记具有稳定性和共显性的优点，而且标记成本低，应用技术简单。但不足之处是，SSR标记在试验中会出现“扩增丢失”、带型杂乱、模糊带型等现象，增大了基因型错误判别的概率，且不能一次性检测大批量样本。新的引物开发成本高且有一定的难度，同时随着大麦样本增加，SSR标记检测所用标记数是影响鉴定效率和成本的一个关键因素。InDel标记具有稳定性高、多态性高和共显性等优点，通过简单的PCR及凝胶电泳即可进行基因分型，不足之处是凝胶电泳所需试剂对人体有害。[0004]SNP标记具有分布广泛、遗传稳定性好且易于实现自动化等优点，目前已迅速取代传统的分子标记。针对SNP标记的检测手段主要有：CAPS(酶切扩增多态性序列)、AS‑PCR(等位基因特异性PCR)、KASP(竞争性等位基因特异性PCR)、测序、质谱检测法、HRM(高分辨率溶解曲线)。随着高通量测序技术的快速发展，完成了大麦基因组测序[20‑21]，在此基础上开发了