一种黄鳍棘鲷SNP标记及其筛选方法.pdf

(19)国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号CN115094145A(43)申请公布日2022.09.23(21)申请号202111365784.4(51)Int.Cl.(22)申请日2021.11.10C12Q1/6888(2018.01)C12N15/11(2006.01)(71)申请人中国水产科学研究院南海水产研究C12Q1/6869(2018.01)所地址510300广东省广州市新港西路231号申请人珠海市现代农业发展中心（珠海市金湾区台湾农民创业园管理委员会、珠海市农渔业科研与推广中心）(72)发明人朱克诚李勇张殿昌于方兆刘宝锁罗志平郭华阳张楠郭梁(74)专利代理机构重庆以知共创专利代理事务所(普通合伙)50226专利代理师高建华权利要求书3页说明书14页序列表7页(54)发明名称一种黄鳍棘鲷SNP标记及其筛选方法(57)摘要本发明涉及鱼类遗传育种技术领域，公开了一种黄鳍棘鲷SNP标记，包括46对引物组；还公开了筛选方法。本发明首次在黄鳍棘鲷上批量建立了具有丰富多态性的SNP分子标记，为黄鳍棘鲷的家系鉴定、种群遗传结构、遗传育种、亲子鉴定等研究提供了强有力的工具，弥补了现有技术中黄鳍棘鲷SNP分子标记的缺乏；同时筛选检测过程简便、快捷、高效，节约了人力和成本。CN115094145ACN115094145A权利要求书1/3页1.一种黄鳍棘鲷SNP标记，其特征在于，包括如下表所示的46对引物组及对应的引物序列和核苷酸序列表位置：2CN115094145A权利要求书2/3页3CN115094145A权利要求书3/3页2.利用权利要求1所述的SNP标记筛选黄鳍棘鲷的方法，其特征在于，具体步骤如下：S1：提取黄鳍棘鲷基因组DNA；S2：利用46对引物组对步骤S1中的基因组DNA进行PCR扩增，PCR扩增反应体系为10μL体系，具体包括：100ng/μL的基因组DNA0.5μL，Buffer1μL，dNTP0.15μL，Taq酶0.15μL，ddH2O7.6μL，正反向引物均为0.3μL；PCR扩增反应程序为：94℃预变性5min；94℃变性30s，56℃退火30s，72℃延伸40s，30个循环；72℃延伸10min，最后4℃保存；S3：对步骤S2中的PCR扩增反应产物进行检测分析。4CN115094145A说明书1/14页一种黄鳍棘鲷SNP标记及其筛选方法技术领域[0001]本发明涉及鱼类遗传育种技术领域，具体涉及一种黄鳍棘鲷SNP标记及其筛选方法。背景技术[0002]黄鳍棘鲷(Acanthopagruslatus)隶属于鱼纲Pisces、鲈形目Perciformes、鲷科Sparidae、棘鲷属Acanthopagrus，广泛分布于红海、阿拉伯海、印度洋、西太平洋沿岸和中国台湾、福建、广东、广西沿海。黄鳍棘鲷生活于近岸海域及河口湾，杂食性，是一种重要的经济鱼类，黄鳍棘鲷养殖周期偏长，极大限制了渔民养殖该品种的热情。近年来，由于环境污染、过度捕捞等导致黄鳍棘鲷自然种群严重衰退、种质严重退化，同时黄鳍棘鲷养殖群体的近亲繁殖、小规格亲本人工育苗等原因，导致黄鳍棘鲷养殖种质严重退化，抗病力减弱，养殖性能下降。以上问题严重制约了黄鳍棘鲷养殖业的持续健康发展。[0003]目前在黄鳍棘鲷遗传育种方面开展的工作较少，朱克诚等人利用微卫星亲子鉴定技术手段筛选的微卫星标记能为黄鳍棘鲷增殖放流、种群选育和分子辅助家系管理提供基础信息；吴仁协等人开发的47个高多态性的黄鳍棘鲷微卫星标记可以为鲷科鱼类的种群遗传学分析提供标记来源。此外，还有学者筛选了少量与黄鳍棘鲷生长相关的单核苷酸多态性(Single‑nucleotidepolymorphisms，SNPs)位点。目前随着测序技术的飞速发展，大量的SNP应用到了水产动物中，如鲷科鱼类的二长棘鲷(Parargyropsedita)、黑鲷(Acanthopagrusschlegeli)、金头鲷(Sparusaurata)等，这些SNPs具有高多态性、分布广泛等众多优点，在鲷科鱼类遗传育种中具有广泛的应用前景，但目前还未见大批量的黄鳍棘鲷SNP位点筛选的报道。发明内容[0004]基于以上问题，本发明提供一种黄鳍棘鲷SNP标记及其筛选方法，本发明首次在黄鳍棘鲷上批量建立了具有丰富多态性的SNP标记，为其家系鉴定、种群遗传结构、遗传育种等研究提供了强有力的工具。[0005]为解决以上技术问题，本发明提供了一种黄鳍棘鲷SNP标记，包括46对引物组。[0006]为解决以上技术问题，本发明还提供了利用SNP标记筛选黄鳍棘鲷的方法，具体步骤如下：[0007]S1：提取黄鳍棘鲷基因组DNA；[0008]S2：利用46对引物组对步骤S1中的基因组DNA进行PCR扩增，PCR扩增反应体系为10μL体系，具