与中国南方荷斯坦奶牛产奶性状相关的SNP标记及其应用.pdf

(19)国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号CN115141889A(43)申请公布日2022.10.04(21)申请号202210686431.2C12N15/11(2006.01)(22)申请日2021.01.28(62)分案原申请数据202110120752.12021.01.28(71)申请人武汉市农业科学院地址430000湖北省武汉市洪山区青菱乡张家湾特1号(72)发明人程蕾刘辰晖胡修忠向敏余婕周源王定发夏瑜(74)专利代理机构武汉智权专利代理事务所(特殊普通合伙)42225专利代理师马丽娜(51)Int.Cl.C12Q1/6888(2018.01)权利要求书2页说明书8页C12Q1/6869(2018.01)序列表2页附图2页(54)发明名称与中国南方荷斯坦奶牛产奶性状相关的SNP标记及其应用(57)摘要本发明提供与中国南方荷斯坦奶牛产奶性状相关的SNP标记及其应用，第一SNP标记位于中国南方荷斯坦奶牛基因组第18号染色体反链上第39037752bp处，碱基为C或T，第一SNP标记的CC基因型个体的305d奶量极显著高于CT基因型个体和TT基因型个体，总奶量和高峰奶均显著高于CT基因型个体和TT基因型个体；第二SNP标记位于中国南方荷斯坦奶牛基因组第18号染色体反链上第39037665bp处，碱基为G或A，第二SNP标记的GG基因型个体总奶量和高峰奶均显著高于GA基因型个体。本发明提供的两个SNP位点丰富了奶牛育种的分子标记遗传资源库，利用其进行分子标记辅助选择有利于提高中国南方荷斯坦奶牛的产奶量，同时也不会影响中国南方荷斯坦奶牛的繁殖性状。CN115141889ACN115141889A权利要求书1/2页1.第二SNP标记在辅助鉴定中国南方荷斯坦奶牛产奶性状中的用途，其特征在于：所述第二SNP标记位于中国南方荷斯坦奶牛基因组第18号染色体反链上第39037665bp处，碱基为G或A，第二SNP标记的GG基因型个体总奶量和高峰奶均显著高于GA基因型个体。2.用于检测第二SNP标记的试剂盒在辅助鉴定中国南方荷斯坦奶牛产奶性状中的用途，其特征在于：所述用于检测第二SNP标记的试剂盒含有用于检测第二SNP标记的引物对和单碱基延伸引物；所述第二SNP标记位于中国南方荷斯坦奶牛基因组第18号染色体反链上第39037665bp处，碱基为G或A，第二SNP标记的GG基因型个体总奶量和高峰奶均显著高于GA基因型个体；所述引物对包括：正向引物：5’‑CCATACTCAGCCACAGCACAGC‑3’，反向引物：5’‑GGGGCGAAATGAAAACTTCAACT‑3’；所述单碱基延伸引物为：5’‑TTTTTTTGTCGTCTTCCYTGTCGTGAAC‑3’；其中，核苷酸序列中的Y为简并碱基，代表C或T。3.一种选育中国南方荷斯坦奶牛的方法，其特征在于：通过对待测中国南方荷斯坦奶牛进行第二SNP标记的检测，评估所述待测中国南方荷斯坦奶牛的产奶性状，选择具有能够提高产奶量的优势等位基因和基因型的个体开展选育工作；所述第二SNP标记位于中国南方荷斯坦奶牛基因组第18号染色体反链上第39037665bp处，碱基为G或A，第二SNP标记的GG基因型个体总奶量和高峰奶均显著高于GA基因型个体。4.根据权利要求3所述的选育中国南方荷斯坦奶牛的方法，其特征在于，包括以下步骤：提取待测中国南方荷斯坦奶牛的基因组DNA；以待测中国南方荷斯坦奶牛的基因组DNA为模板，利用引物对进行多重PCR扩增反应；所述引物对包括：正向引物：5’‑CCATACTCAGCCACAGCACAGC‑3’，反向引物：5’‑GGGGCGAAATGAAAACTTCAACT‑3’；利用第二SNP标记的单碱基延伸引物对PCR扩增产物进行单碱基延伸反应，延伸产物测序，确定第二SNP标记基因型，选择目标基因型的个体培育产奶优势品种；所述第二SNP标记的单碱基延伸引物为：5’‑TTTTTTTGTCGTCTTCCYTGTCGTGAAC‑3’；其中，核苷酸序列中的Y为简并碱基，代表C或T。5.根据权利要求4所述的选育中国南方荷斯坦奶牛的方法，其特征在于：用于杂交育种的亲本之一至少符合以下条件：第二SNP标记含有等位基因G。6.根据权利要求5所述的选育中国南方荷斯坦奶牛的方法，其特征在于：选择第一SNP标记为CC基因型且第二SNP标记为GG基因型的个体作为产奶性状的优势个体；所述第一SNP标记位于中国南方荷斯坦奶牛基因组第18号染色体反链上第39037752bp处，碱基为C或T，第一SNP标记的CC基因型个体的305d奶量极显著高于CT基因型个体和TT基因型个体，总奶量和高峰奶均显著高于CT基因型个体和TT基因型个体。7.根据权利要求3～6任一项所述的选育中国南方荷斯坦奶牛的方法