与水稻抗旱性相关的全基因组SNP分子标记及其应用.pdf

(19)国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号CN115232884A(43)申请公布日2022.10.25(21)申请号202110438993.0(22)申请日2021.04.22(71)申请人上海市农业生物基因中心地址201100上海市长宁区北翟路2901号(72)发明人张分云(74)专利代理机构北京路浩知识产权代理有限公司11002专利代理师张璐(51)Int.Cl.C12Q1/6895(2018.01)C12N15/11(2006.01)权利要求书9页说明书26页附图3页(54)发明名称与水稻抗旱性相关的全基因组SNP分子标记及其应用(57)摘要本发明涉及分子标记技术领域，具体涉及与水稻抗旱性相关的全基因组SNP分子标记及其应用。本发明利用“抗旱”和“敏感”的水稻品种，从全基因组筛选SNP分子标记，获得191个与抗旱表型显著相关的SNP分子标记，用以高效快速地鉴定水稻品种的抗旱性。利用本发明的分子标记可对水稻品种资源进行抗旱性鉴定、对育种材料和分离群体进行分析和筛选，从而有利于加快节水抗旱稻品种的选育进程，提高抗旱分子育种效率。CN115232884ACN115232884A权利要求书1/9页1.与水稻抗旱性相关的SNP分子标记，其特征在于，其为如SEQIDNO.1～SEQIDNO.191所示的一个或多个SNP分子标记，其中，在第50bp处发生突变，导致水稻抗旱性出现多态性；所述SNP分子标记的突变形式如下所述：2CN115232884A权利要求书2/9页3CN115232884A权利要求书3/9页4CN115232884A权利要求书4/9页5CN115232884A权利要求书5/9页6CN115232884A权利要求书6/9页7CN115232884A权利要求书7/9页8CN115232884A权利要求书8/9页9CN115232884A权利要求书9/9页2.一种基因芯片，其特征在于，其包含有权利要求1所述的SNP分子标记。3.用于扩增权利要求1所述的SNP分子标记的引物。4.含有权利要求3所述的引物的试剂或试剂盒。5.权利要求1所述的SNP分子标记、或权利要求2所述的基因芯片、或权利要求3所述的引物、或权利要求4所述的试剂或试剂盒在早期预测水稻抗旱性表型中的应用。6.权利要求1所述的SNP分子标记、或权利要求2所述的基因芯片、或权利要求3所述的引物、或权利要求4所述的试剂或试剂盒在筛选抗旱型水稻中的应用。7.权利要求1所述的SNP分子标记、或权利要求2所述的基因芯片、或权利要求3所述的引物、或权利要求4所述的试剂或试剂盒在选育抗旱型水稻中的应用。10CN115232884A说明书1/26页与水稻抗旱性相关的全基因组SNP分子标记及其应用技术领域[0001]本发明涉及分子标记技术领域，具体涉及与水稻抗旱性相关的全基因组SNP分子标记及其应用。背景技术[0002]由于气候变化异常，极端天气频发，干旱胁迫已成为制约水稻生产的重要障碍因素之一，对粮食安全带来了严重威胁，培育和种植节水抗旱水稻品种是减少干旱损失最经济有效的措施。发掘水稻抗旱性状相关基因，开发与抗旱性状紧密相关的分子标记，通过分子标记辅助选择，对于培育节水抗旱水稻品种具有重要意义。[0003]单核苷酸多态性(SingleNucleotidePolymorphisms，SNP)主要是指由于单个核苷酸的变异而引起基因组水平上的DNA序列多态性，包括单碱基的转换、颠换、缺失和插入等形式。SNP在水稻基因组中的分布相当广泛，随着高通量测序技术的进步，SNP已经成为了新一代的分子标记。[0004]王文生等在CN108048597A中依据与水稻干旱胁迫条件下控制株高的LOC_Os03g20680基因显著相关的SNP位点设计了PCR引物，该标记能较好的区分抗旱和敏感品种，位点基因型为A/A的水稻品种的抗旱性显著的优于即位点基因型为T/T的水稻品种。同时，其研究团队还在CN108034654A中提供与水稻苗期根长相关的SNP分子标记及其应用，所述SNP分子标记来自LOC_Os08g31580基因，该SNP分子标记位于水稻第8染色体19,547,859bp位置，碱基为C或T，可用于水稻根系改良和抗旱育种。然而，类似的抗旱功能SNP标记虽然能够区分基因型，但都局限于某个特定基因和遗传背景，而水稻抗旱是由多基因控制的复杂数量性状，具有丰富的遗传背景和复杂的分子机理，单个SNP标记难以满足生产实际需要，也限制了其应用范围。发明内容[0005]为了解决上述技术问题，本发明提供了与水稻抗旱性相关的适用于全基因组的SNP分子标记及其应用。[0006]具体而言，本发明首先提供与水稻抗旱性相关的SNP分子标记，其为如SEQIDNO.1～SEQIDNO.191所示的一个或多个SN