与冬瓜果肉质地主效QTL连锁的SNP分子标记及其应用.pdf

(19)国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号CN115852025A(43)申请公布日2023.03.28(21)申请号202211309944.8(22)申请日2022.10.25(71)申请人广东省农业科学院蔬菜研究所地址510640广东省广州市天河区金颖路66号(72)发明人薛舒丹谢大森钟玉娟刘玲徐颖超金庆敏张思程孟琦涛邱清娴(74)专利代理机构广州嘉权专利商标事务所有限公司44205专利代理师梅素丽(51)Int.Cl.C12Q1/6895(2018.01)C12N15/11(2006.01)A01H1/04(2006.01)权利要求书1页说明书6页序列表（电子公布）附图2页(54)发明名称与冬瓜果肉质地主效QTL连锁的SNP分子标记及其应用(57)摘要本发明公开了一种与冬瓜果肉质地主效QTL连锁的SNP分子标记及其应用。该SNP分子标记位于冬瓜12号染色体665586bp的位置处，其多态性为G/C，软质地为G，硬质地为C。本发明的分子标记可利用冬瓜种子或子叶长出的早期阶段就可鉴定。而且可以对商品期的果实无需切开检测质地即可知表型，另外本发明是利用KASP技术，基于引物末端碱基的特异匹配来对SNP分型及检测，试验准确度高，成本低、耗时短，可用于冬瓜分子标记辅助选择育种，加速冬瓜感官品质育种的进程。CN115852025ACN115852025A权利要求书1/1页1.与冬瓜果肉质地主效QTL连锁的SNP分子标记，该SNP分子标记位于冬瓜12号染色体665586bp的位置处，其多态性为G/C。2.根据权利要求1所述的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记位于SEQIDNO.1所示序列自5’端起第20位碱基。3.一种试剂盒，所述试剂盒用于检测分型权利要求1或2所述的SNP分子标记。4.根据权利要求3所述的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括KASP引物对。5.根据权利要求4所述的试剂盒，其特征在于，所述KASP引物对包括两条正向引物和一条反向引物，所述正向引物的序列为：正向引物1：5’‑GAAGGTGACCAAGTTCATGCTCTAAGGCCAGCCCTGAGAGG‑3’；和正向引物2：5’‑GAAGGTCGGAGTCAACGGATTCTAAGGCCAGCCCTGAGAGC‑3’；所述反向引物的序列为：5’‑CCAGCAAGCCTGTATCACCA‑3’。6.权利要求1～2任一项所述SNP分子标记或权利要求3～5任一项所述试剂盒在冬瓜果肉质地鉴定和/或制备冬瓜果肉质地鉴定的产品中的应用。7.权利要求1～2任一项所述SNP分子标记或权利要求3～5任一项所述试剂盒在冬瓜分子标记辅助育种和/或制备冬瓜分子标记辅助育种的产品中的应用。8.权利要求1～2任一项所述SNP分子标记或权利要求3～5任一项所述试剂盒在冬瓜种质资源改良和/或制备冬瓜种质资源改良的产品中的应用。9.一种鉴定冬瓜果肉质地的方法，包括以下步骤：提取待测冬瓜核酸样本，使用权利要求3～5任一项所述的试剂盒进行检测，根据SNP分子标记的基因型判断冬瓜的果肉质地。10.根据权利要求9所述的方法，其特征在于，若待测冬瓜的SNP分子标记的基因型为GG，则判断为极端质地软的冬瓜；若待测冬瓜的SNP分子标记的基因型为CC，则判断为极端质地硬的冬瓜；待测冬瓜的SNP分子标记的基因型为GC，则判断为硬度居中的冬瓜。2CN115852025A说明书1/6页与冬瓜果肉质地主效QTL连锁的SNP分子标记及其应用技术领域[0001]本发明属于植物分子遗传育种领域，具体涉及与冬瓜果肉质地主效QTL连锁的SNP分子标记及其应用。背景技术[0002]冬瓜属于药食兼用的重要葫芦科作物，其口感好，无异味，是我国主要的蔬菜作物之一，年种植面积约33万公顷。其果肉质地是感官品质的重要评价指标，也是果实运输性、贮藏性和货架期的重要决定因素。冬瓜作为南菜北运和调节市场均衡供应的主要蔬菜品种，果肉质地软硬是冬瓜商品性评估的重要参数，影响消费者对商品的选择，以及供应商对于品种的选择。果实质地特性是指通过口腔、牙齿、舌等器官感受食物的状态，可以用来描述果实的纤维组织状况和品尝时的口感。质地不仅可以反应园艺产品的成熟度、特性、衰老度，并且还可以为果实的运输、贮藏和货架供应的时间长度制定评判标准。质地有一个重要的表征指标，那就是机械特性(硬度)。研究冬瓜果肉质地软硬的遗传及分子标记，对于选育符合市场需求的冬瓜新品种具有重要意义。因此，分离冬瓜果肉硬度调控基因，并开展其生物学功能研究对进一步探讨冬瓜果肉硬度形成机制及分子育种具有重要理论及实践意义。然而，截至目前有关冬瓜果肉质地硬度的基因及其分子标记开发的研究尚未见报道。[0003]SLAF‑Seq技术(特异性位点扩增片段测序)是基于二代高通量测序的