低直链淀粉调控新等位基因在水稻软米育种中的应用.pdf

(19)国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号CN115927378A(43)申请公布日2023.04.07(21)申请号202211161032.0C07K14/415(2006.01)(22)申请日2022.09.22A01H4/00(2006.01)A01H5/10(2018.01)(71)申请人云南省农业科学院粮食作物研究所A01H6/46(2018.01)地址650205云南省昆明市盘龙区北京路2238号(72)发明人吴志刚寇姝燕李华慧袁平荣赵国珍刘慰华邹茜黄平朱振华陈于敏苏振喜辜琼瑶郭咏梅(74)专利代理机构北京众泽信达知识产权代理事务所(普通合伙)11701专利代理师张艳萍(51)Int.Cl.C12N15/29(2006.01)C12N15/84(2006.01)权利要求书2页说明书10页序列表（电子公布）附图4页(54)发明名称低直链淀粉调控新等位基因在水稻软米育种中的应用(57)摘要本发明属于植物基因工程技术领域，公开了一种水稻低直链淀粉调控新等位基因wxha在水稻软米育种中的应用，所述wxha定位开发的分子标记包括RM19286、IND12、RM8075、IND15、IND16、IND18、IND19和RM19357，所述wxha基因编码区基因组序列为SEQIDNO：1；所述低直链淀粉调控新等位基因wxha通过影响制胚乳直链淀粉合成进而调控稻米的直链淀粉含量。本发明分离克隆低直链淀粉调控新等位基因wxha，该基因通过影响制胚乳直链淀粉合成进而调控稻米的直链淀粉含量；通过常规导入wxha基因创制直链淀粉含量2～5％的软米种质材料或品种，在优质软米育种实践上具有重要利用价值。CN115927378ACN115927378A权利要求书1/2页1.一种水稻低直链淀粉调控新等位基因wxha，其特征在于，所述wxha定位开发的分子标记包括RM19286、IND12、RM8075、IND15、IND16、IND18、IND19和RM19357，所述wxha基因编码区基因组序列为SEQIDNO：1。2.如权利要求1所述的水稻低直链淀粉调控新等位基因wxha，其特征在于，所述RM19286的核苷酸序列为SEQIDNO：2，所述IND12的核苷酸序列为SEQIDNO：3，所述RM8075的核苷酸序列为SEQIDNO：4，所述IND15的核苷酸序列为SEQIDNO：5，所述IND16的核苷酸序列为SEQIDNO：6，所述IND18的核苷酸序列为SEQIDNO：7，所述IND19的核苷酸序列为SEQIDNO：8，所述RM19357的核苷酸序列为SEQIDNO：9。3.一种如权利要求1～2任意一项所述的水稻低直链淀粉调控新等位基因wxha在稻米直链淀粉含量控制中的应用。4.如权利要求3所述的水稻低直链淀粉调控新等位基因wxha在水稻软米育种中的应用，其特征在于，所述低直链淀粉调控新等位基因wxha通过影响制胚乳直链淀粉合成进而调控稻米的直链淀粉含量。5.一种应用如权利要求1～2任意一项所述的水稻低直链淀粉调控新等位基因wxha的图位克隆方法，其特征在于，所述等位基因wxha的图位克隆方法包括：(1)研系2107YX2107表型分析以粳稻日本晴、籼稻中籼3037和糯稻大白糯作为对照品种，将收获的种子晒干至水分至13％，碾磨成精米，用手术刀片进行横切，观察外观表型；将精米横切片浸入0.1％的I2‑KI浸染1min显色，并进行直链淀粉含量的测定；(2)研系2107低直链淀粉性状的遗传分析将研系2107与楚粳28进行正反交，在成熟期各采收F1植株的1个主穗，烘干后将所有的籽粒碾磨成精米，对分离出的乳白色胚乳和透明胚乳的粒数进行统计，确定研系2107低直链淀粉性状的遗传行为；(3)wxha的图位克隆利用图位克隆方法克隆目的基因，分离控制研系2107低直链淀粉性状基因。6.如权利要求5所述的新等位基因wxha的图位克隆方法，其特征在于，所述步骤(3)中的wxha的图位克隆包括：利用研系2107与中籼3037杂交获得的F1植株与中籼3037进行回交，收获BC1F1植株的种子，研磨成糙米筛选出1000粒乳白胚乳粒，种植出苗后提取叶片样本DNA进行图位克隆；用100个样品分10个DNA样品池，利用现有的SSR标记，将研系2107低直链淀粉基因初步定位在6号染色体长臂上；通过在NCBI网站比对日本晴和9311的基因组序列差异，在初定位范围内设计5对InDel分子标记和1对SSR标记，并利用剩下的672个样品将研系2107低直链淀粉基因定位在IND16和IND18之间197Kb的范围内；数据库分析显示所述区间有31个预测的基因，通过对基因的分析，确定新等位基因wxha。7.一种应用如权利要求1～2任意一项所述的水稻低直链淀粉调控新等位基因