一种卵形鲳鲹快速生长新品种的分子标记辅助育种方法.pdf

(19)中华人民共和国国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号CN113854202A(43)申请公布日2021.12.31(21)申请号202110798091.8(22)申请日2021.07.14(71)申请人中国水产科学研究院南海水产研究所地址510300广东省广州市海珠区新港西路231号(72)发明人刘宝锁张殿昌郭梁郭华阳朱克诚张楠(74)专利代理机构广州知友专利商标代理有限公司44104代理人宣国华刘艳丽(51)Int.Cl.A01K61/10(2017.01)C12Q1/6879(2018.01)C12Q1/6888(2018.01)权利要求书2页说明书11页附图1页(54)发明名称一种卵形鲳鲹快速生长新品种的分子标记辅助育种方法(57)摘要本发明公开了一种卵形鲳鲹快速生长新品种的分子标记辅助育种方法，该方法通过高效整合个体表型值选择、微卫星分子标记、加性遗传相关矩阵、线性混合模型、数量遗传学、个体育种值选择、性别特异性分子标记、个体间遗传距离分析和群组交配方案等技术，可有效解决现有卵形鲳鲹遗传育种工作中候选亲本遗传评价与选优困难、亲缘与性别不清盲目近亲繁殖导致苗种生长缓慢、成活率低、抗逆抗病能力差和种质退化等问题。CN113854202ACN113854202A权利要求书1/2页1.一种卵形鲳鲹快速生长新品种的分子标记辅助育种方法，其特征是包括以下步骤：S1：测量卵形鲳鲹选育群体成鱼体质量数据，进行个体体质量表型值选择，筛选性状优异个体作为初选留种个体；S2：基于微卫星基因型数据和分子相关系数方法构建加性遗传相关矩阵，运用线性混合模型计算个体体质量育种值，进行个体体质量育种值选择再次筛选，获得候选留种个体；S3：基于性别特异性分子标记鉴定候选留种个体性别和利用微卫星基因型数据计算候选留种个体间遗传距离，依据群组交配方案设计标准选择和确定最终留种个体。2.根据权利要求1所述卵形鲳鲹快速生长新品种的分子标记辅助育种方法，其特征是步骤S1中个体体质量表型值选择包括：对海区养殖6个月50000尾个体体质量表型值进行从大到小排序，选择前2000名个体作为初选留种个体，其留种率为4％。3.根据权利要求1或2所述卵形鲳鲹快速生长新品种的分子标记辅助育种方法，其特征是步骤S2中加性遗传相关矩阵构建流程包括：(S21)提取初选留种个体样品DNA和进行PCR扩增；(S22)利用微卫星基因型数据和分子相关系数方法获得个体间亲缘关系矩阵；(S23)对亲缘关系矩阵进行格式转换与正定义处理，并生成加性遗传相关矩阵文件；步骤(S22)中分子相关系数方法是基于TrioML似然估计算法使用R语言related软件包coancestry函数计算两两个体间亲缘关系系数，并构建亲缘关系矩阵；步骤(823)中亲缘关系矩阵格式转换与正定义处理分别采用R语言corpcor软件包vec2sm函数与matrix软件包nearPD函数，并利用synbreed软件包write.relationshipMatrix函数生成加性遗传相关矩阵。4.根据权利要求3所述卵形鲳鲹快速生长新品种的分子标记辅助育种方法，其特征是：步骤S2中利用微卫星基因型数据和分子相关系数方法构建加性遗传相关矩阵，基于线性混合模型运用ASReml4.0软件估算加性遗传方差残差方差和个体体质量育种值，进行个体体质量育种值选择再次筛选。5.根据权利要求4所述卵形鲳鲹快速生长新品种的分子标记辅助育种方法，其特征是：步骤s2中所述个体体质量育种值是通过以下线性混合模型估算得到，其具体模型为yi＝μ+ai+ei，式中，yi为第i个鱼体的体质量，μ为所有鱼体的体质量均值，ai为第i个鱼体的加性遗传效应(个体体质量育种值)，其服从期望均值为0和方差为的多元正态分布，其中A为加性遗传相关矩阵，为加性遗传方差，ei为第i个鱼体的随机残差效应，其服从期望均值为0和方差为的多元正态分布，其中I为单位矩阵，为残差方差，运用ASReml4.0软件估算线性混合模型中和数值，再采用BLUP法计算个体体质量育种值。6.根据权利要求5所述卵形鲳鲹快速生长新品种的分子标记辅助育种方法，其特征是：步骤S2中个体体质量育种值选择是对2000尾初选留种个体体质量育种值进行从大到小排序，选择前1000名个体作为候选留种个体，其留种率为50％。7.根据权利要求1或6所述卵形鲳鲹快速生长新品种的分子标记辅助育种方法，其特征是：步骤S3中利用微卫星基因型数据计算候选留种个体间遗传距离是基于共享等位基因差异方法采用PopGenRepor软件包gd.kosman函数计算个体间遗传距离。8.根据权利要求7所述卵形鲳鲹快速生长新品种的分子标记辅助育种方法，其特征是：步骤S3中群组交配方案设计标准为：(S31)设计4～6个交配群组且各群组内80