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本发明公开了基于全基因组选择研究的水稻籽粒镉积累性状预测装置和预警系统。本发明构建了预测水稻籽粒镉含量全基因组选择模型。模型构建算法为rrBLUP或gBLUP;水稻模型构建群体种群个数为50,其中训练群体和测试群体材料个数比为1:1;构建所用基因型数据集中的镉含量相关SNP分子标记通过GWAS分析获得,均匀分布于水稻的12条染色体上;SNP分子标记的分布密度为每个水稻基因组上60K个。通过该模型可提前筛选出低镉含量优良水稻品系,而不必在育种后期进行表型分析;同时首次建立了水稻“智能镉预警”系统,可应用于更广泛的危险材料和作物品种中,从而在风险评估和环境保护中发挥作用。