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本发明公开了一种用于微流控芯片PDMS材料的打孔装置,属于微流控芯片加工制造领域,该装置由定位机构、打孔机构和排屑机构三部分组成,所述定位机构用以确定芯片的打孔位置;所述打孔机构用以保证打孔针头保持竖直并完成打孔;排屑机构用以保证打孔结束后,对残留在打孔针头里的碎屑进行清理;本设计可以同时实现准确定位、竖直打孔、自动排屑等功能,同时结构简单可靠,加工成本低,可以有效提高微流控芯片的加工效率,该打孔器可以广泛应用于微流控芯片制造的打孔过程,特别针对软质高分子聚合物聚二甲基硅氧烷醇(PDMS)和其他软质材料的打孔需求,可以有效改善打孔质量,提高打孔效率,为发展微流控技术做出贡献。