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本发明涉及一种有机硅聚合物,特别涉及一种水性聚酯改性有机硅树脂、制备方法及其应用,属于高分子合成技术领域。一种水性聚酯改性有机硅树脂,该水性聚酯改性有机硅树脂具有以下结构通式:其中,R1选自亚甲基或苯亚甲基,R2选自亚乙基、亚丙基、亚苯基或亚2,5?二甲基?1,4?苯基,x是5~30的正整数;M是由端羟基聚酯与有机硅中间体缩合而成的端羟基聚酯改性有机硅,且该端羟基是烷羟基,所述有机硅中间体具有硅烷醇或烷氧基活性基团。该水性聚酯改性有机硅树脂,具水性自乳化性能好,水相中分子结构稳定性高,材料耐高温性能好的特点,可广泛应用于耐高温涂层领域,如高温管道防腐、炊具或小家电涂层。