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本发明涉及一种城市水体原位微生物修复的方法,具体地说是以粉末活性炭、粘土矿物、固相碳源和微生物生长因子为原料制备微生物富集激活填料,在曝气作用下,城市污染水体与微生物富集激活填料充分接触,填料缓释的碳源和微生物生长促进因子促使进水中的微生物快速富集、激活和增殖,其释放的高效活性菌随出水进入城市水体,有效地调节水体中的生物菌落结构和丰度,增强微生物的新陈代谢能力,加快有机污染物的矿化,最终达到水体修复和生态系统自我净化能力提升的目的。本发明技术简单,生产和运行成本低廉,便于工程应用,具有良好的推广应用前景。