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本发明提出了一种炎症性肠病基因标志物及其应用,该炎症性肠病基因标志物包括第一基因集,因此,进一步提出了一种试剂盒,包括适于检测第一基因集中的至少一种基因的试剂,所述第一基因集中的基因与SEQIDNO:1?16所示的核酸序列一一对应,所述第一基因集中的基因与其对应的SEQIDNO:1?16中的序列具有不小于90%的同一性。本发明提出的基因相较于炎症性肠病患者群体,在健康个体中显著富集,能够作为健康群体和炎症性肠病患者群体的区分标志,可以作为检测和/或治疗炎症性肠病的标志物。