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本发明公开了木荷生长与开花相关内参基因筛选方法、引物及应用。该筛选方法包括如下步骤:(1)分别取M个材积差异显著的木荷单株的成熟叶片和其他任意1个木荷单株的N个不同组织,然后对全部样本提取总RNA,并反转录cDNA;(2)根据18个候选内参基因的核苷酸序列分别设计引物,得到PCR引物;(3)稳定性评价:以cDNA为模板,利用PCR引物分别进行qRT?PCR扩增,获得CT值,并进一步计算得到平均标准差;然后利用不同方法对候选内参基因的稳定性进行评价,筛选得到木荷的内参基因或其组合。本发明评选出的内参基因具有较高的稳定性、且兼具针对性和广泛适用性,可为木荷相关生理过程基因功能研究提供重要参考。