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使用组合的对RNA转录物的RNA测序和对染色质可及DNA的DNA测序执行单细胞分析以确定单细胞的轨迹。使用不包含蛋白酶或转座酶的试剂对单个细胞进行包封和裂解。细胞裂解物包括RNA转录物和包装的DNA(例如作为染色质包装的DNA)。在所述包装的DNA中的DNA区段被引发、扩增和测序,以产生染色质可及DNA的序列读数。RNA转录物被逆转录以产生cDNA,所述cDNA然后被引发、扩增和测序以产生序列读数。来自RNA?seq和DNA?seq的序列读数揭示了细胞的不同状态,并且因此可用于预测细胞轨迹。