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本公开涉及一种药物特性判定方法、装置、系统、设备及存储介质,所述方法包括:将医学知识图谱输入至预先训练的表示网络中,以使所述表示网络输出所述医学知识图谱的至少一个节点的表示向量;将所述至少一个节点中的药物节点的表示向量输入至预先训练的判定网络中,以使所述判定网络输出所述药物节点对应的药物的特性。表示网络和判定网络能够自动对医学知识图谱进行处理,以批量得出药物的特性,从而避免实验研究药物的特性造成的低效和低准确率,提高了药物研究的效率和准确率。