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本发明公开了一种镀锌板表面镀层的三维表征方法,属于分析方法技术领域。它包括如下具体步骤:1)镀锌板试样的预处理;2)镀锌板试样的切割和分析;3)镀锌板试样的三维重构。本发明的三维表征方法为采用聚焦离子束扫描电子显微镜双束系统的离子束对镀锌板镀层进行切割,电子束采集切割截面的相关数据,并结合三维图像分析软件有效的分析镀层的三维形貌或成分。可系统的分析镀锌板表面镀层的信息,对于提高镀锌板的表面质量起到了重要作用。