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本发明公开了一种马氏珠母贝肉抗氧化多肽及其制备方法与应用。所述制备方法操作简单、成本低廉、分离效率高,适用于大批量工业生产。所得马氏珠母贝肉抗氧化多肽的蛋白含量为65%~93%(干基),平均分子量为3000~10000Da,其亮氨酸含量为11~21%;氧自由基吸收能力(ORAC)为1000~3000μMTEAC/g,且生物利用度高,具有显著抗氧化功效,能显著提高由H2O2造成的人肝癌细胞HepG2氧化损伤的细胞存活率,可用于抗氧化型功能性食品开发,对开发具有特定功能的马氏珠母贝肉功能食品,具有重要的社会和经济意义。