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本发明涉及一种与萝卜抗根肿病相关的KASP分子标记及其应用,通过QTL?seq技术以及遗传图谱定位发现了位于萝卜2号染色体上与抗根肿病相关的主效QTL位点,并进一步开发了与位点紧密连锁的分子标记,通过对抗性未知萝卜材料的种子或者苗期叶片提取DNA,结合本发明的KASP引物进行KASP分子标记分型试验,通过标记的分型结果就可以预测萝卜对根肿病的抗性,而不用采用人工鉴定的方法,可以明显提高育种效率,节约育种成本。