一种用于检测不结球白菜抗根肿病的SNP分子标记及其应用.pdf

(19)中华人民共和国国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号CN108546777A(43)申请公布日2018.09.18(21)申请号201810798862.1(22)申请日2018.07.19(71)申请人上海市农业科学院地址201106上海市闵行区北翟路2901号(72)发明人朱红芳李晓锋朱玉英翟文(74)专利代理机构上海硕力知识产权代理事务所(普通合伙)31251代理人刘红梅(51)Int.Cl.C12Q1/6895(2018.01)C12N15/11(2006.01)权利要求书1页说明书9页序列表2页附图2页(54)发明名称一种用于检测不结球白菜抗根肿病的SNP分子标记及其应用(57)摘要本发明公开了一种用于检测不结球白菜抗根肿病的SNP分子标记及其应用。所述SNP分子标记为Br_K_070103，该Br_K_070103位于不结球白菜第7号染色体第201813113位碱基处，该处碱基为G的不结球白菜表现为抗病，该处碱基为T的不结球白菜表现为感病。本发明应用KASP技术对所找到的SNP分子标记进行基因分型，可以快速、准确的检测不结球白菜对根肿病的抗性，大幅提高遗传转育效率。且检测过程不需要酶切、电泳及测序等，便于操作，利于高通量快速检测，彻底杜绝了PCR产物的气溶胶污染和EB对环境的污染，以及对人体的危害。CN108546777ACN108546777A权利要求书1/1页1.一种用于检测不结球白菜抗根肿病的SNP分子标记，其特征在于：所述SNP分子标记为Br_K_070103，该Br_K_070103位于不结球白菜第7号染色体第201813113位碱基处，该处碱基为G的不结球白菜表现为抗病，该处碱基为T的不结球白菜表现为感病。2.用于检测权利要求1所述的SNP分子标记的特异性引物组合，其特征在于，包括：(1)两条特异引物PrimerX和PrimerY：引物PrimerX的序列如SEQIDNO.2所示，引物PrimerY的序列如SEQIDNO.3所示；(2)一条通用引物PrimerC：其序列如SEQIDNO.4所示。3.权利要求2所述的特异性引物组合在检测不结球白菜品种抗根肿病性状中的应用。4.根据权利要求3所述的特异性引物组合在检测不结球白菜品种抗根肿病性状中的应用，其特征在于，包括如下步骤：(1)提取待测不结球白菜基因组DNA；(2)以不结球白菜基因组DNA为模板，利用权利要求2所述的特异性引物组合进行KASP反应检测，在两条特意性引物PrimerX和PrimerY的5’-端分别连接FAM-tail:5’-GAAGGTGACCAAGTTCATGCT-3’和VIC-tail:5’-GAAGGTCGGAGTCAACGGATT-3’通用荧光标签序列；(3)检测不结球白菜品种抗根肿病性状时，若只检测到引物PrimerY所连荧光序列对应的荧光信号，则待测不结球白菜表现为抗根肿病；若只检测到引物PrimerX所连荧光序列对应的荧光信号，则判定待测待测不结球白菜为不抗病材料；若同时检测到两者荧光则判断不结球白菜为抗根肿病的杂合型。5.根据权利要求4所述的特异性引物组合在检测不结球白菜品种抗根肿病性状中的应用，其特征在于：选择检测到引物PrimerY所连荧光序列对应的荧光信号的不结球白菜样品进行育种。6.根据权利要求4所述的特异性引物组合在检测不结球白菜品种抗根肿病性状中的应用，其特征在于，步骤(2)中KASP检测中的PCR条件为：94℃15min；95℃20sec，65-56℃60sec，每个循环退火延伸温度降低0.8℃，共10个循环；94℃20sec，57℃60sec，共26个循环。7.权利要求2所述的特异性引物组合用于检测所述SNP分子标记的方法，该方法为：利用权利要求2所述的特异性引物组合对待检测不结球白菜的基因组DNA进行KASP检测，在引物PrimerX和引物PrimerY的5’-端分别连接不同的通用荧光标签序列；若只检测到引物PrimerY所连荧光序列对应的荧光信号，则待测不结球白菜为抗根肿病材料，其基因型为G，若只检测到引物PrimerX所连荧光序列的荧光信号，则判定待测不结球白菜为不抗根肿病的材料，其基因型为T；若同时检测到两种荧光，则判定不结球白菜样品为携带抗根肿病性状的杂合型。8.包含权利要求2所述的特异性引物组合的试剂盒。9.权利要求8所述的试剂盒在不结球白菜种质资源改良中的应用。10.权利要求8所述的试剂盒在培育抗根肿病不结球白菜中的应用。2CN108546777A说明书1/9页一种用于检测不结球白菜抗根肿病的SNP分子标记及其应用技术领域[0001]本发明属于SNP分子标记技术领域，具体涉及一种用于检测不结球白菜抗根肿病的SNP分子标记及其应用。背景技术[0002]传统系谱法选育方法是不