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本发明公开了一种通过构筑纯COFs中间层改性复合纳滤膜的制备方法,主要包括:采用席夫碱缩合制备TpPa?1,真空抽滤在多孔基膜上构筑纯COFs中间层,然后通过界面聚合得到复合纳滤膜,其中,所述多孔基膜为孔径为0.1μm的高分子多孔膜。本发明中,通过在界面聚合步骤中控制水相单体和有机相单体的浓度及界面聚合反应结束后的晾干时间可以有效的控制所形成的复合纳滤膜的内部孔道水分和哌嗪分子,即通过真空抽滤亲水COFs中间层优化了聚醚砜基膜表面的亲水性和孔隙率,从而实现对界面聚合过程的精确调控,本方法制备的聚酰胺分离层薄且致密,在较低的操作压力(0.2MPa)下,具有较高的水通量并保持优异的分离性能。