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本发明公开了一种防治青枯病的芽孢杆菌复合菌剂及其应用。所述芽孢杆菌复合菌剂是由混合菌种种子液扩培制成的,其中包括采用保藏编号为CGMCCNo.24342的贝莱斯芽孢杆菌LGT?1和CGMCCNo.24343的解淀粉芽孢杆菌ZJ?1制备而成的种子液,并且两种种子液的体积比为1.0~2.0:1.0~2.0。所述芽孢杆菌复合菌剂用于烟草种植上,不仅能显著降低青枯病病情指数,提高烟草多项农艺性状,还能改善种植土壤的理化性质,促进烟株生长,因此具有广阔的应用前景。