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本发明提供带荧光蛋白标签的重组柯萨奇B3病毒,该病毒为感染性重组病毒rCV?CS和表达GFP的重组病毒rCV?GFP,序列如SEQIDNO:1,其构建方法是在CVB3全长感染性cDNA克隆质粒pCV的基础上,构建含有多克隆位点MCS,并在MCS前加入2Apro酶切识别序列的CVB3全长感染性克隆质粒pCV?CS;以pEGFP为模板扩增GFP片段,得到GFP编码基因;将GFP编码基因引入到pCV?CS的多克隆位点,构建表达GFP的CVB3全基因感染性克隆质粒pCV?GFP;pCV?GFP经脂质体转染、扩增后获得带荧光蛋白标签的重组柯萨奇B3病毒rCV?GFP。采用本发明的技术方案用于制备在活体动物细胞中示踪病毒,并产生显著的效果。