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本发明提供了一种基于连通子图的图的自同构群构造方法。该方法包括:将原始的图划分为多个连通子图;判断不同连通子图之间是否同构,将同构的连通子图分为一组,保存同组的连通子图之间的节点映射关系,选择一个连通子图作为该组连通子图的代表性连通子图;分别求取每组中的代表性连通子图的自同构群;根据每组中的连通子图与代表性连通子图之间的节点映射关系,以及代表性连通子图的自同构群得到每组中的连通子图的自同构群。本发明的方案通过先划分再合并的方法减小图的规模,有效改善了由于搜索树规模太大而难以生成的问题,可以更好地处理大量的复杂图。