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本实用新型公开了一种用于病毒分离培养的微流控细胞芯片,包括金属框架、下盖板、芯片框架、核心芯片和上盖板,核心芯片上设有多个细胞培养腔室,在核心芯片表面设有主流道,主流道连通多个细胞培养腔室。基于微流控细胞芯片的病毒分离培养方法,采用多种细胞系共培养的方法,实现1份待分析样本与不同细胞系依次孵育,采用灌注感染的方法,可显著节约临床样本,最大限度提高样本利用率;同时可减少培养试剂消耗,缩短分离鉴定时间;由于本申请提供的微流控细胞芯片设计含有多个内置细胞培养腔室,理论上能够同时实现至少十种不同细胞系的培养,显著增加病毒敏感宿主细胞筛选的通量性,实现病毒敏感细胞系的高通量、自动化、快速筛选。