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本发明属于生物信息学技术领域,具体涉及一种基因多序列比对方法、设备和系统。本发明的基因多序列比对方法包括如下步骤:步骤1,设置模板信息,所述模板信息包括待分析基因的模板序列、保守基序位置和保守基序长度;步骤2,根据步骤1的模板信息作为参照,对待分析序列进行校正和多序列全局比对,形成数据集。本发明还提供应用上述基因多序列比对方法的设备和系统。本发明的技术方案能够大大减少基因多序列比对的工作量,显著提高多序列比对工作的效率。因此,具有很好的应用前景。