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本发明属于邻近标记技术领域,具体涉及一种基于DNA纳米技术的蛋白质邻近标记方法及其应用。本发明利用DNA纳米技术将酶靶向到免疫突触部分,与当前邻近标记反应相比,操作简便,经济高效,且用时短,只需10分钟即可完成生物素化邻近标记,无需提前将邻近标记的酶与目的蛋白融合,也无需转染,从而极大限度地还原了蛋白与蛋白天然的作用,可用于研究蛋白与蛋白之间微弱或瞬时的相互作用,也可以用于质谱鉴定并进行蛋白质组学分析,挖掘与免疫突触相关的新蛋白分子,为药物的研发提供新思路。同时DNA纳米技术的运用可有效放大信号,大大提高了标记效率。且标记的特异性好,几乎无非特异性背景信号。