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本发明提供一种乳腺特异性表达PEDV单链抗体基因的同源重组载体及应用。所述同源重组载体是以真核表达载体为骨架载体,同源重组载体中至少包括正筛选元件、负筛选标记基因、PEDV单链抗体基因表达盒以及rosa26基因的同源左臂和同源右臂;其中,正筛选元件包括顺次连接的重组酶识别序列?正筛选标记基因?重组酶基因?重组酶识别序列。利用所述同源重组载体转染哺乳动物体细胞,获得的阳性细胞rosa26基因第一个内含子定点整合PEDV单链抗体基因。利用本发明方法成功获得了乳腺特异性表达PEDV单链抗体的转基因猪细胞系,为通过转基因技术制备抗腹泻转基因猪奠定基础。