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本发明提供了一种牡丹籽功能物质的分离提取方法,属于食品加工技术领域。本发明提取方法包括如下步骤:(1)将功能物质混合物放入料篮,加水后旋转料篮,持续2?4h后得到釜底液体为经喷雾干燥得到芍药苷;所述功能物质混合物中包括黑色素、丹皮酚、芍药苷、醇和其他杂质;(2)继续加水,旋转料篮,加热至90?100℃反应0.5?4h反应釜中液体经喷雾干燥得到丹皮酚;(3)继续加水,加碱调整pH至9.0?10.0,旋转料篮1.5?2h,加酸调整pH至4.0?4.5,静置沉淀后固液分离,得到固体经烘干为牡丹籽黑色素。通过本发明方法可将牡丹籽油生产中的副产物合理高效利用,分离提取过程绿色环保,产物提取率高且纯度好。