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本发明涉及聚酯塑料技术领域,具体涉及一种疏水改性生物降解聚酯的连续制备方法和疏水改性生物降解聚酯及其应用,该方法包括以下步骤,S1、将酯化后的酯化熔体冷却,S2、将冷却后的酯化熔体与1?烷基环氧乙烷进行混合,S3、将混合物输入到熔体均化器进行均化;S4、均化产物在预聚釜中进行预聚,S5、预聚产物在缩聚釜中进行缩聚反应,S6、将缩聚产物进行增粘,制得所述生物降解聚酯,该制备方法具有节能、反应速度快、反应完全的优点。制得的生物降解聚酯具有长链烷基的侧基,有利于材料的疏水性能提高,将制得的生物降解聚酯作为制备地膜中应用,可以改善地膜的耐水性,从而提高其使用寿命。