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本发明公开了一种芽孢杆菌及其制备高效铅锌废水絮凝剂的方法。可通过如下方式制得:(1)从铅锌污染的土壤中分离出有絮凝能力的菌株,命名为Bacillussp.PR3,该菌株已保藏于广东省微生物菌种保藏中心,保藏号为GDMCCNO61254;(2)将单菌株接种于种子培养基中,制得种子培养液;(3)将(2)所制得的种子培养液接种于发酵培养基中,培养后制得发酵培养液;(4)将(3)所制得的发酵培养液离心,得到的上清液或上清液提取物即为微生物絮凝剂。该絮凝剂对于铅锌废水的处理效果较好,且无二次污染,具有较大潜力。