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本发明公开了一种来自辣椒疫霉菌的调控胞外囊泡分泌关键蛋白Pcsec4?1和Pcsec4?2及其编码基因与应用。本发明所提供的调控囊泡分泌关键蛋白序列为如序列2和序列4所示;其编码基因如序列1和序列3所示。通过实验证明,本发明所提供的蛋白在辣椒疫霉(Phytophthoracapsici)自身生长发育过程中发挥重要作用,具体表现为,该类蛋白缺失后辣椒疫霉菌丝生长减慢、游动孢子数量减少、致病力降低、胞外囊泡分泌量下降等。以上结论均为探究辣椒疫霉发育及致病分子机制提供了技术基础,为未来新型杀菌剂的研发提供了潜在的分子靶标。