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本发明提供具有高的可靠性的半导体装置、其制造方法及存储装置。实施方式的半导体装置具备包括存储单元的第1区域和包括周边电路的第2区域。第2区域具备:扩散区域,设置于半导体基板的表面;栅绝缘膜,设置于扩散区域的表面之上;栅电极,设置于栅绝缘膜之上;绝缘体层,设置于扩散区域的表面之上,包围栅电极并且覆盖栅电极的侧面的至少一部分;及元件分离体,埋入于半导体基板,包围扩散区域。元件分离体具有:第1部分,比表面向下方凹陷;及第2部分,具有设置于扩散区域的表面与第1部分之间且比第1部分向上方突出的凸部。