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本发明公开了蛋白质CYCA3?1在提高玉米抗盐碱性中的应用。本发明公开的蛋白质CYCA3?1为氨基酸序列是序列2的蛋白质;其编码基因为序列表中序列1所示的DNA分子,在玉米中的基因组序列为序列表中序列3。本发明的实验证明,在100mMNaHCO3处理的条件下,CYCA3?1过表达株系OX?1、OX?2、OX?13表现出比野生型B73?329更强的耐盐碱性,叶片较绿,株高更高。表明,CYCA3?1可以正调控玉米的抗盐碱性。