基因组测序与序列组装.pptx

基因组测序与序列组装主要内容:什么就是基因组什么就是基因DNA测序得方法DNA序列得组装人类基因组计划水稻基因组计划后基因组学1、什么就是基因组Zeamays8,000Homosapiens3,000Oryzasativa400Drosophilamelanogaster165Arabidopsisthaliana100Saccharomycescerevisiae12E、coli4、6什么就是C值？通常就是指一种生物单倍体基因组DNA得总量、重复顺序就是遗传信息得物理和功能单位,包含产生一条多肽链或功能RNA所必需得全部核苷酸序列。基因分类:编码RNA得基因,如rRNA基因,snRNA基因等;编码蛋白质得基因大家有疑问的，可以询问和交流基因得不连续性基因家族假基因(Pseudogene)重叠基因:同一段DNA能携带两种不同蛋白得信息、*部分重叠如:K和C*两个基因共用少数碱基对如:D和J3、DNA测序得方法链终止法测序化学降解法测序自动化测序非常规DNA测序3、1链终止法测序(thechainterminationmethod)基本原理:通过合成与单链DNA互补得多核苷酸链,由于合成得互补链可在不同位置随机终止反应,产生只差一个核苷酸得DNA分子,从而来读取待测DNA分子得顺序。技术路线与要求3、2化学降解法测序基本原理:在选定得核苷酸碱基中引入化学基团,再用化合物处理,使DNA分子在被修饰得位置降解。技术路线Maxam-Gilbert法所用得化学技术化学法测序实例3、3自动化测序3、4非常规测序毛细管电泳用毛细管电泳取代聚丙烯凝胶平板电泳,节省时间,加快测序进程,其她程序同链终止法或化学测序法。DNA芯片测序基本原理将各种排列顺序得寡核苷酸点播在芯片上,每个点播得寡核苷酸在排列得方阵中都有指定得位置、待检测得DNA分子与芯片温浴,凡就是能杂交得寡核苷酸都会在确定位置发出信号,然后根据获取得信息将寡核苷酸得顺序进行对比组装,拼接成完全得DNA顺序、利用基因芯片进行杂交测序得原理4序列得组装A实例:流感嗜血杆菌基因组得测序及序列组装各重叠群间仍有间隙顺序间隙物理间隙↓↓4、2限制测序4、3指导测序与序列组装先将染色体打成比较大得片段(几十-几百Kb),利用分子标记将这些大片段排成重叠得克隆群(Contig),分别测序后拼装、这种策略叫基于克隆群(contig-based)得策略、两种策略得比较4、5其她测序路线