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医学数据挖掘基因表达数据的获得与分析(二)空间特异性鼠和人基因组的表达调控中心法则转录组学数据挖掘的挑战-----高维性数据挖掘的挑战-----高维性内容安排基因表达的检测方法基因芯片的发展历史和趋势近年Medline收录的发表的“DNAmicroarray”相关论文DNA芯片技术15DNA芯片技术的主要方法17什么是微阵列1.1芯片制备---芯片探针芯片探针的特点预先合成基因芯片探针原位合成探针原位合成探针原位合成探针281.2.芯片支持物类型支持物的预处理1.3.芯片的打印321.4打印后处理基因芯片是规则的意义:能使微阵列的制备、检测和定量快速进行。均一的大小和点间距明确的位置DNA芯片技术的主要方法DNA微阵列技术流程DNA芯片技术的主要方法基因芯片基因芯片原理基因芯片自动杂交仪检测与分析DNA微阵列技术流程50表达谱实验流程生物信息学在基因芯片中的应用基因芯片数据的预处理数据提取—表达值获得数据的提取数据的提取---cDNA芯片数据的提取---Affymetrix每个基因通常会设计16~20个探针对,组成探针集,共同决定某基因的杂交信号PM(perfectmatch):与目标样本完美匹配的探针MM(mismatch):在完美匹配的探针序列中央发生一个碱基替换杂交信号:定性(P-Present/A-Absent/M-Marginal)定量(realsignal)数据的提取数据的提取基因芯片数据的预处理对数化探针过滤补缺失值补缺失值补缺失值补缺失值补缺失值标准化CDNA芯片数据的标准化CDNA芯片数据的标准化CDNA芯片数据的标准化CDNA芯片数据的标准化CDNA芯片数据的标准化CDNA芯片数据的标准化单通道芯片数据的标准化探针注释探针注释探针注释探针注释预处理后获得的表达谱数据