一种检测胃肠道间质瘤相关基因突变的试剂盒及其应用.pdf

(19)中华人民共和国国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号CN107419009A(43)申请公布日2017.12.01(21)申请号201710499214.1(22)申请日2017.06.27(71)申请人迈基诺（重庆）基因科技有限责任公司地址400000重庆市江北区港城东环路6号银联都市工业园1幢1-2，2-2，3-2，4-2，5-2，6-2号(72)发明人伍建姬晓雯李巧玲(74)专利代理机构北京纪凯知识产权代理有限公司11245代理人关畅张立娜(51)Int.Cl.C12Q1/68(2006.01)权利要求书2页说明书7页序列表9页(54)发明名称一种检测胃肠道间质瘤相关基因突变的试剂盒及其应用(57)摘要本发明公开了一种检测胃肠道间质瘤相关基因突变的试剂盒及其应用。本发明保护引物对组(序列1至序列40)和记载有“检测待测者的胃肠道间质瘤相关基因是否发生突变的方法”的可读性载体在制备用于检测胃肠道间质瘤相关基因突变的试剂盒中的应用。本发明将检测样本由传统的肿瘤组织或切片替换为血浆，并且针对GIST相关基因KIT、PDGFRA设计20对特异性引物，再结合高通量测序的检测方法提高了检测数据量和实验结果准确性，可准确有效地监测GIST相关基因的突变。CN107419009ACN107419009A权利要求书1/2页1.引物对组和/或记载有“检测待测者的胃肠道间质瘤相关基因是否发生突变的方法”的可读性载体在制备用于检测胃肠道间质瘤相关基因突变的试剂盒中的应用；所述胃肠道间质瘤相关基因为KIT基因和PDGFRA基因；所述引物对组由(1)-(13)所示的特异于KIT基因的13个引物对和(14)-(20)所示的特异于PDGFRA基因的7个引物对组成；(1)由序列表中序列1和序列2所示的两个单链DNA组成的引物对1；(2)由序列表中序列3和序列4所示的两个单链DNA组成的引物对2；(3)由序列表中序列5和序列6所示的两个单链DNA组成的引物对3；(4)由序列表中序列7和序列8所示的两个单链DNA组成的引物对4；(5)由序列表中序列9和序列10所示的两个单链DNA组成的引物对5；(6)由序列表中序列11和序列12所示的两个单链DNA组成的引物对6；(7)由序列表中序列13和序列14所示的两个单链DNA组成的引物对7；(8)由序列表中序列15和序列16所示的两个单链DNA组成的引物对8；(9)由序列表中序列17和序列18所示的两个单链DNA组成的引物对9；(10)由序列表中序列19和序列20所示的两个单链DNA组成的引物对10；(11)由序列表中序列21和序列22所示的两个单链DNA组成的引物对11；(12)由序列表中序列23和序列24所示的两个单链DNA组成的引物对12；(13)由序列表中序列25和序列26所示的两个单链DNA组成的引物对13；(14)由序列表中序列27和序列28所示的两个单链DNA组成的引物对14；(15)由序列表中序列29和序列30所示的两个单链DNA组成的引物对15；(16)由序列表中序列31和序列32所示的两个单链DNA组成的引物对16；(17)由序列表中序列33和序列34所示的两个单链DNA组成的引物对17；(18)由序列表中序列35和序列36所示的两个单链DNA组成的引物对18；(19)由序列表中序列37和序列38所示的两个单链DNA组成的引物对19；(20)由序列表中序列39和序列40所示的两个单链DNA组成的引物对20；所述检测待测者的胃肠道间质瘤相关基因是否发生突变的方法，包括如下步骤：(a)从待测者的血浆样本中提取游离核酸为模板，以所述引物对组中的各引物进行PCR扩增，得到扩增产物；(b)对所述扩增产物进行磁珠纯化回收，得到回收产物1；(c)对所述回收产物1进行PCR富集，得到富集产物；(d)对所述富集产物进行磁珠纯化回收，得到回收产物2；(e)对所述回收产物2进行高通量测序，根据测序结果确定所述待测者的胃肠道间质瘤相关基因是否发生突变。2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于：在所述检测待测者的胃肠道间质瘤相关基因是否发生突变的方法中，步骤(a)中进行所述PCR扩增时，所述引物对组中的各引物对被分在两组分别进行多重PCR扩增；其中一组中的引物有所述引物对2、所述引物对4、所述引物对5、所述引物对8、所述引物对10、所述引物对12、所述引物对14、所述引物对16、所述引物对18和所述引物对20，另一组中的引物有所述引物对1、所述引物对3、所述引物对6、所述引物对7、所述引物对9、所述引物对11、所述引物对13、所述引物对15、所述引物对17和所述2CN107419009A权利要求书2/2页引物对19。3.根据权利要求1所述的应用，其特征在于：所述高通量测序为Illumina测序。4.一