用于表征与口相关病症的方法和系统.pdf

(19)中华人民共和国国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号CN108699586A(43)申请公布日2018.10.23(21)申请号201780016156.0丹尼尔·阿尔莫纳西德杰西卡里奇曼(22)申请日2017.03.07·(74)专利代理机构北京派特恩知识产权代理有(30)优先权数据限公司162/304,6422016.03.07US127062/304,6452016.03.07US代理人王子晔姚开丽(85)PCT国际申请进入国家阶段日(51)Int.Cl.2018.09.07C12Q1/04(2006.01)C12Q1/6883(2018.01)(86)PCT国际申请的申请数据G06F19/22(2011.01)PCT/US2017/0212022017.03.07G06F19/00(2018.01)(87)PCT国际申请的公布数据G06F19/12(2011.01)WO2017/156031EN2017.09.14G06F19/10(2011.01)(71)申请人优比欧迈公司G06F19/18(2011.01)地址美国加利福尼亚州(72)发明人扎迦利·阿普特卡塔利娜·瓦尔迪维亚权利要求书4页说明书20页附图12页(54)发明名称用于表征与口相关病症的方法和系统(57)摘要用于针对使用者表征与口相关病症的系统和方法的实施方案可以包括如下中的一项或更多项：处理网络，所述处理网络能够操作以收集含有来自使用者集合的物质的容器，所述处理网络包括能够操作以通过对物质进行测序来确定微生物序列的测序系统；微生物群系表征系统，所述微生物群系表征系统能够操作以基于微生物序列确定微生物群系组成数据集和微生物群系功能多样性数据集，收集与所述使用者集合的与口相关病症相关联的补充数据集；并将补充数据和从微生物群系组成数据和微生物群系功能多样性数据提取的特征转化成与口相关病症的表征模型；和/或治疗系统，基于使用表征模型针对与口相关病症对使用者进行表征，所述治疗系统能够操作以促进对使用者的治疗。CN108699586ACN108699586A权利要求书1/4页1.一种用于针对使用者评价与口相关病症的系统，所述系统包括：●处理网络，所述处理网络能够操作以收集含有来自使用者集合的物质的容器，所述处理网络包括测序系统，所述测序系统能够操作以通过对所述物质进行测序来确定微生物序列；●微生物群系表征系统，所述微生物群系表征系统能够操作以：●基于所述微生物序列确定微生物群系组成数据和微生物群系功能多样性数据；●收集与所述使用者集合的与口相关病症相关的补充数据；以及●将所述补充数据及从所述微生物群系组成数据和所述微生物群系功能多样性数据提取的特征转化成与口相关病症的表征模型；和●治疗系统，基于使用表征模型针对与口相关病症对使用者进行表征，所述治疗系统能够操作以促进对所述使用者的治疗。2.根据权利要求1所述的系统，其中，所述处理网络进一步包括文库制备系统，所述文库制备系统能够操作以将所述物质片段化并使用与遗传靶标相容的引物对所述物质进行复合扩增，所述遗传靶标与与口相关病症相关联。3.根据权利要求1所述的系统，其中，所述微生物群系表征系统进一步能够操作以：●基于第一与口相关的特征选择规则从所述微生物群系组成数据中提取微生物群系组成特征；和●基于第二与口相关的特征选择规则从所述微生物群系功能多样性数据中提取微生物群系功能多样性特征，其中，所述特征包括所述微生物群系组成特征和所述微生物群系功能多样性特征。4.根据权利要求3所述的系统，其中，所述第一与口相关的特征选择规则和所述第二与口相关的特征选择规则通过促进减少将所述补充数据和所述特征转化成所述表征模型的处理时间来改进所述微生物群系表征系统。5.根据权利要求3所述的系统，其中，所述微生物群系功能多样性特征包括以下项中的至少一项：蛋白质特征直系同源组的簇、基因组功能特征、分类特征、化学功能特征和系统功能特征。6.根据权利要求1所述的系统，其中，所述特征包括与以下各项中的至少一项相关的京都基因和基因组百科全书(KEGG)功能特征：硫中继系统、限制酶、能量代谢、免疫系统疾病、脂肪酸生物合成、原核生物中的碳固定途径、含硒化合物代谢、蛋白激酶、能量代谢、甘油磷脂代谢、无机离子转运和代谢、氨基酸相关酶和光合生物中的碳固定。7.根据权利要求6所述的系统，其中，与微生物群系组成相关的特征包括源自相对丰度单调变换和非单调变换中的至少一者的特征。8.根据权利要求7所述的系统，其中，与微生物群系组成相关的特征的变换包括以下各项中的至少一项：归一化、从线性的或非线性替代的潜变量分析得到的特征向量、线性或非线性回归、核方法、特征嵌入方法、机器学习和/或统计推断方法。9.根据权利要求6所述的系统，其中，所述特征包括与长奈瑟菌和