GWAS分析培训班第二期.pdf

GWAS分析培训班第⼆期
张磊2017-3-30博奥⽣物集团有限公司⽣物芯⽚北京国家⼯程研究中⼼北京博奥晶典⽣物技术有限公司⽬录基础知识介绍PLINK介绍TASSEL介绍典型案例ContentsContents⽬录part1基础知识介绍基础知识介绍常⽤术语●基因座(Locus):染⾊体上的⼀个固定位置。●等位基因(Allele)同源染⾊体上的⼀段DNA序列在给定locus上的多种变化形式。●等位基因频率某个allele在所有样本中的频率。●次等位基因频率(MAF)minorallelefrequency4基础知识介绍●基因型(genotype)AC、AT、AG、CG、CT、GC、GT、AA、TT、CC、GG●单体型(haplotype)●哈代-温伯格平衡(Hardy-WeinbergequilibriumHWE):对于⼀个⼤且随机交配的种群基因频率和基因型频率在没有迁移、突变和选择的条件下会保持不变。f(A)=pandf(a)=qp22pqandq2:Hardy–Weinbergproportions5基础知识介绍基因型AAACCC总数数⽬146913851612p=(2*1469+138)/(2*1612)=0.954q=1–p=0.046假设HWE：Exp(AA)=p^2*1612=1467.4Exp(AC)=2pq*1612=141.2Exp(CC)=q^2*1612=3.4Pearson’s卡⽅检验统计量：=(1469-1467.4)^2/1467.4+(141.2-138)^2/141.2+(3.4-5)^2/3.4=0.83<3.84Pvalue>0.05=>不能拒绝HWE的零假设6基础知识介绍Callrate（分型成功率）：●SNPcallrate：分型成功的个体数⽬/样本量●个体callrate：分型成功的SNP数⽬/芯⽚上SNP总数⽬e.g.Axiom™hNCG-SNP有551363个SNPs检测192个体。某个体分型成功的SNPs数⽬为523120则个体callrate=523120/551363=0.948776；SNPAX-123在188个体中成功分型则SNPcallrate=188/192=0.9791667基因型导出软件：Affymetrix：GTCIllumina：GenomeStudio7基础知识介绍全基因组关联分析常⽤⽅法Case-control试验设计：●卡⽅检验、fisher精确检验●Logistic回归分析：可校正年龄、性别、群体分层、体重等可能的混杂因素。8