引物设计实例分析-PPT.ppt
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欢迎大家引物设计实例分析引物设计基本原则1.引物的长度2.产物的长度3.Tm值4.引物的GC含量5.碱基础随机分布6.引物自身7.引物之间8.引物的3′端9.引物的5′端10.密码子的简并11.引物的特异性任务设计DJ-1蛋白表达引物Plasmid1:Plasmid2第一步:检索DJ-1mRNA基本序列第二步:利用PrimerPremier5设计引物PrimerPremier5.0是由加拿大的Premier公司开发的专业用于PCR或测序引物以及杂交探针的设计、评估的软件,其主要界面分为序列编辑窗口(Gen
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欢迎大家引物设计实例分析引物设计基本原则1.引物的长度2.产物的长度3.Tm值4.引物的GC含量5.碱基础随机分布6.引物自身7.引物之间8.引物的3′端9.引物的5′端10.密码子的简并11.引物的特异性任务设计DJ-1蛋白表达引物Plasmid1:Plasmid2第一步:检索DJ-1mRNA基本序列第二步:利用PrimerPremier5设计引物PrimerPremier5.0是由加拿大的Premier公司开发的专业用于PCR或测序引物以及杂交探针的设计、评估的软件,其主要界面分为序列编辑窗口(Gen
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引物设计基本原则1.引物的长度2.产物的长度3.Tm值4.引物的GC含量5.引物自身1.打开软件,调入序列2、选择路径,选择序列文件名,加入右框3、序列文件显示如图,点击“primer”;5、等待引物搜寻,显示结束后,点击“确定”。6、按照搜寻结果显示,逐条分析,在主窗口中检查该引物对的二级结构情况,依次筛选PrimerPremier5的引物评价窗口任务用绿色荧光蛋白(GFP)标记蛋白NR1121ggggctcctagagaacccgggggcgcttgaccgcgcgcgggcggcccgcgggtcg
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引物设计实例分析引物设计基本原则1.引物的长度2.产物的长度3.Tm值4.引物的GC含量5.碱基础随机分布6.引物自身7.引物之间8.引物的3′端9.引物的5′端10.密码子的简并11.引物的特异性任务设计DJ-1蛋白表达引物Plasmid1:Plasmid2第一步:检索DJ-1mRNA基本序列第二步:利用PrimerPremier5设计引物PrimerPremier5.0是由加拿大的Premier公司开发的专业用于PCR或测序引物以及杂交探针的设计、评估的软件,其主要界面分为序列编辑窗口(Genetan
实例图解简并引物设计.pptx
实例图解简并引物设计三、基本原则设计一对好的引物,归结起来就是5′端引物、3′端引物之间以及两者与模板的关系处理得恰到好处:两引物的序列要与模板的序列紧密互补;两引物不能在模板的非目的位点发生错配;两引物之间尽量减少二聚体或发夹结构生成。四、延伸原则引物长度:常用为18-27bp,最大不可超过38bp,否则容易导致延伸温度过高,不适合DNA聚合酶反应;GC含量:一般介于40%-60%之间,且两个引物之间的GC含量相差不能过于悬殊;碱基分布:随机分布最佳,但避免连续的GC,GC富集区容易导致错误引发反应。五