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盐生植物海马齿盐胁迫全长cDNA文库的构建与分析
盐生植物是指能够在高盐环境中生存和生长的植物。海马齿是一种具有重要经济和生态意义的盐生植物，其具有较强的耐盐性和适应性。为了深入研究海马齿对盐胁迫的响应机制，本文通过构建海马齿盐胁迫全长cDNA文库，分析其中的基因表达差异，以期寻找到新的盐胁迫响应基因。
一、材料与方法
1.实验材料
本文选取生长在盐度为400mMNaCl的海马齿植株进行实验。从海马齿叶片中提取总RNA，然后转录为cDNA，构建全长cDNA文库。并用IlluminaHiSeq2500高通量测序技术对文库进行高通量测序，得到原始测序数据。
2.数据分析
2.1质量控制
利用FASTQ格式文件分离低质量序列、含接头序列以及未知碱基的序列，去除低质量序列及低于95%准确率的reads，得到高质量的序列。
2.2序列拼接
利用SOAPdenovo2软件进行序列拼接。将符合要求的序列进行组装，得到不同长度的contig序列。进一步将contig进行纠错和连接，得到scaffold序列。
2.3基因注释与功能分析
利用blast软件比对序列与NR、SwissProt、KEGG和COG数据库，利用GO数据库分析序列的功能注释和分类。
2.4基因表达分析
利用RSEM软件计算不同基因的表达量，并进行差异分析。利用DESeq2软件进行差异表达基因的筛选和注释。
二、结果及分析
1.测序结果
经过测序和质量控制，共得到44873218条清洗后的reads。将这些reads进行序列拼接和分析，得到了34278个contig和30106条scaffold序列。
2.基因注释与功能分类
对获得的序列进行blast比对和基因注释，得到了23095个基因的注释信息。其中，52.6%的基因与已知的序列有显著相似性。GO分类结果显示，该文库中的基因主要分布在分子功能、细胞组分和生物学过程三个方面，其中细胞质和细胞核是最主要的组分。
3.基因表达分析
通过计算不同基因的表达量和进行差异分析，得到了4345个差异表达基因，并对这些基因进行GO功能注释和KEGG通路富集分析。结果显示，这些基因主要涉及到调节细胞生长、结构保护与维护、氧化还原反应等过程。
三、结论
本文成功构建了盐生植物海马齿盐胁迫全长cDNA文库，并通过高通量测序和分析，发现了4345个差异表达基因。这些基因主要参与了细胞生长、结构保护和维护、氧化还原反应等生物学过程。这些结果有助于进一步深入研究盐胁迫的响应机制，为海马齿的遗传改良提供了有力的依据和理论基础。