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海洋微拟球藻转录组在指数期和平台期的差异分析
在海洋生态系统中，微观生物是其中一个重要的组成部分。微观生物的数量和种类可以影响整个海洋生态系统的健康状况。而微观生物中的微观藻类是其中一个键盘的组成部分，它们可以通过光合作用为海洋生态系统提供大量的氧气和有机物质。其中微观球藻是一种被广泛研究的微观藻类，它能够承受一定程度的营养物质限制和低温的环境。因此，研究微球藻的基因表达谱，可以为了解微观藻类的生长适应性和对环境的响应机制提供重要的参考。
指数期和平台期是微观球藻的不同生长阶段，这两个阶段的表观形态和生化代谢活性均有差异。因此，运用转录组学的方法对比分析这两个阶段下基因表达的变化规律，可以帮助我们更好地理解微观球藻不同生长期之间的分子生理差异。
在该研究中，我们从指数期和平台期的微观球藻细胞中分离的mRNA总量中提取RNA，并通过IlluminaHiSeqX10平台实现了高通量测序。对于得到的测序数据，使用Trimmomatic程序提取了清洁的数据，去掉了低质量的序列，并建立了表达矩阵。接着运用EDGEpro软件进行了显著差异基因筛选，尽管测序样本间存在一定的生物学复杂性，我们还是成功地确定了指数期和平台期之间的差异基因的ID和表达量。进一步的基因功能富集分析，我们发现指数期和平台期的微观球藻的差异基因与调控生物学过程和代谢相关性很大。
通过差异基因分析，我们对比发现指数期微观球藻上调了诸多光合作用、细胞呼吸作用和代谢方面基因的表达。其中包括光系统I、光系统II、丙酮酸循环、三磷酸腺苷合成等过程的基因表达显著提高。这表明指数期微观球藻的细胞代谢和光合作用活动都很活跃。相反的，在平台期微观球藻中发现了更多涉及DNA修复、氧化还原和膜蛋白相关的基因被上调表达，这一结果可能反映了生长率减缓和环境胁迫等因素对微观球藻的应答。
此外，在两个阶段的微观球藻中，我们还发现了一些未曾被报道的差异表达基因，例如球蛋白基因家族的差异表达和环带类蛋白基因的上调表达等。这表明在未来对微观球藻基因功能的研究中，还有许多需要进一步挖掘的领域。
综上所述，本研究通过RNA测序技术分析了指数期和平台期微观球藻的差异转录组，并揭示了两个生长阶段下的代谢和生物学过程的不同表达程度。本研究对于更深层次地理解微观球藻的生长适应性和对环境的响应机制具有重要意义。