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实用蛋白质组学ProteomicsinPractice梁漱溟-做学问的八个境界Inviewofproteinexpression,whatcancausethedifferenceincolorsensitivity? Feb26,2015InternetInviewofproteinexpression,whatcancausethedifferenceincolorsensitivity? Feb26,2015InternetBiologicalSystemsMultiple-OmicsfromMultiomestoPhenome Ritchie(2015)NatRevGenetic,Synder(2012)CellPhenotypicOutcomesGeneratedGenetically&EpigeneticallybyMulti-Omes Ritchie(2015)NatRevGeneticComplex-TraitPhenotypesRevealedbyMulti-Omes Ritchie(2015)NatRevGenetCategorizationofMulti-StagedAnalysisofPhenotype Ritchie(2015)NatRevGenetCategorizationofMeta-DimensionalAnalysis Ritchie(2015)NatRevGenetIntroductiontoProteome&Proteomics定义:蛋白组与蛋白组学组学研究的基本策略AnnotationofSubtractiveComparisonofProteomeInviewofproteinexpression,whatcancausethedifferenceincolorsensitivity? Feb26,2015Internet蛋白质组复杂性OverviewonTechnology&ResourceinProteomics Celis(2003)CancerCell三个主要应用于蛋白组学的技术与方法Spatial&TemporalProteinExpression Timecourseofexpression Locationofexpression Tissue-orOrgan-specificexpression Cell-specificexpressionHPLC-MS2-维电泳Celis(2003)CellCancerCellConceptiononExperimentalPlanningDIGE原理DifferentialImagingofGelElectrophoresis电泳胶荧光差别影像分析荧光差别扫描与影像纪录 依样品标记的染料选择激光波长等电点电泳聚焦IEFIsoelectricElectrophoresisFocusing等电点聚焦原理:蛋白依等电点在pH梯度胶上分离ImmobilizedpHGradientPolyacrylamideThePrincipleofIsoelectricElectrophoresisFocusing*2-DimensionalElectrophoresis不同蛋白样品标记不同染料:染料标记帮助区分不同样品来源的同类蛋白质在混合样品中的含量。 混合蛋白质样品(1:1),进行2-维电泳:不同来源的同类蛋白质,在电泳中可行进在电泳胶上同一位置,但,具有不同的染料颜色。 激光差别扫描:依不同染料选择不同扫描波长,则,不同蛋白样品来源的蛋白质呈现各自颜色的电泳胶影像。 结果分析-阅读:蛋白斑点的位置代表蛋白质类别,斑点的颜色代表该蛋白含量或相对含量。单个电泳胶影像和多个电泳胶影像重叠的分析阅读。 MinimalLabelingofLysinewithCyDyeSaturationLabelingofCysteinewithCyDye*ProcedureforDIGEofProteinSamples GE(2004)2-DElectrophoresisExampleforDIGEImageDifferentialWavelengthProteomicsinPracticep69Cy3red Cy5blue Cy2green2-DEofMouseLiverExtract GE(2004)2-DElectrophoresis2-DEofProteinsStainedwithSyproRuby(A)&DeepPurpleStrain(B) AndProteinSpot3-DPlotAnalysisDE(2004)2-DElectrophoresisExperimentalStrategyofGE&MSApplication:FusionProtein