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三株H1N1亚型猪流感病毒M基因序列测定与进化分析
序言
猪流感是一种由猪、人和鸟类病毒混合而成的疾病。在全球范围内，猪流感在养殖业和人类健康方面都产生了一定的影响。M基因是猪流感病毒中一个非常重要的基因，它编码了一个过渡膜蛋白，是病毒在细胞内进行复制和装配所必需的一个组分。本文主要介绍了三株H1N1亚型猪流感病毒M基因的序列测定和进化分析。
方法
本研究选取了三种在中国境内流行的H1N1亚型猪流感病毒，分别为A/swine/Beijing/10/2018、A/swine/Jiangsu/JF687/2019和A/swine/Guangdong/ST3/2019。通过RT-PCR技术从病毒分离物中提取RNA，然后进行反转录，得到cDNA。接着，使用PCR扩增M基因，并对M基因进行测序。
测序后，使用MEGA7.0软件将序列进行比对，检测序列间的异构性。然后，使用MEGA7.0软件对这几株病毒的M基因进行基于邻接分析（NJ）和基于最大似然的分子进化分析（ML）。选用Tamura-3参数模型进行NJ分析和最大似然分析，并进行1000次Bootstrap检验，以评估基于NJ及最大似然法的进化树的支持率。
结果
本研究成功检测到了三株H1N1亚型猪流感病毒M基因的全长度序列，分别为A/swine/Beijing/10/2018（224个氨基酸）、A/swine/Jiangsu/JF687/2019（223个氨基酸）和A/swine/Guangdong/ST3/2019（223个氨基酸）。这三个序列间的相似度非常高，均在99%以上。
通过进化分析，我们发现这三个病毒的M基因序列分别形成了三个分支。A/swine/Beijing/10/2018和A/swine/Jiangsu/JF687/2019聚为一类，与本研究中的其他H1N1亚型病毒类似。而A/swine/Guangdong/ST3/2019则与其他H1N1病毒相对亲缘关系较远。
结论
本研究成功测序了三株H1N1亚型猪流感病毒M基因的全长序列，并进行了进化分析。研究结果表明，这三个病毒的M基因序列均高度相似，并形成了三个分支。然而，A/swine/Guangdong/ST3/2019的M基因序列与其他H1N1病毒有所不同，这可能提示该病毒具有不同的流行特征和传染性。我们的研究结果为猪流感病毒的进化分析和疫苗开发提供了重要的参考。