荧光定量PCR.doc

荧光定量PCR
荧光定量PCR
荧光定量PCR
一、样品RNA的抽提

1.匀浆将—80℃冻结的RNA提取样品迅速转移至用液氮预冷的研钵中,用研杵研磨组织，其间不断加入液氮，直至研磨成粉末状，向研钵中加入与样品匀浆量匹配的适量的RNAisoPlus，并将组织样粉末覆盖。

2。抽提室温放置5min，使核蛋白复合物完全溶解后转移至1。5mL无酶离心管中，室温静置5min，12000r/min,4℃离心15min；小心吸取上清液移入新离心管，加上清液的1/5体积量的氯仿，静置10min；12000r/min，4℃离心10min。（此时分三层：无色上清液、白色蛋白层、带颜色的下层有机相）；

3。RNA沉淀吸取上清液移至新离心管，切勿吸入中间蛋白层，向上清液中加入与上清液等量体积的异丙醇。颠倒混匀后室温静置10min，12000r/min，4℃离心5min(此时底部会出现沉淀）；

4.RNA洗涤移去上清液，每1mlTRIZOL试剂裂解的样品中加入1ml的75％乙醇（用DEPC水或无酶无菌水配制，超净台中配制）,清洗RNA沉淀.混匀后，4℃下12000r/min离心5分钟。

5.RNA溶解吸去大部分乙醇溶液，使RNA沉淀在室温空气中干燥5—10分钟.加入无RNA酶的水20—40μL用枪反复吹打几次，使其完全溶解，获得的RNA溶液保存于—80℃待用。

二、RNA浓度和质量的测定

1.1%-1.2％琼脂糖电泳检测RNA的完整性：将从肌肉中提取的总RNA吸取5μＬ，加入1μL6XLoadingBuffer,混匀,点入1％琼脂糖凝胶点样孔中，120V电压电泳，经凝胶成像系统检测条带。

2.核酸蛋白分析仪检测OD；吸取2μL的RNA检测OD260/OD280检测含量与纯度，A260／A280在1。9-2。1之间,说明提取的总ＲＮＡ质量很好，记录稀释后RNA的Conc值（浓度)。
三、实时定量引物

实时定量引物根据NCBI公布的基因序列，依据实时定量引物设计原则,使用软件Primer5。0设计,管家基因引物引用参考文献所列，引物由上海生工有限公司合成。

四、反转录

宝生物（大连）工程有限公司TaKaRaPrimeScriptTMRTreagentKitwithgDNAEraser(PerfectRealTime）进行反转录，体系及步骤如下；

1。反转录制备cDNA第一链
采用SYBRGreenqPCR法反转录,体系如表。
试剂添加量（μL）步骤１的反应液10。0PrimeScriptRTEnzymeMixⅠ1.0RTPrimerMix*41。05XPrimeScriptBuffer（forRealTime）4.0RNaseFreedH2O4.0Total20
按表成分在冰上配制反应液。为了保证反应液配制的准确性，进行各项反应时，应先按反应数+2的量配制MasterMix，然后再分装10μＬ到每个PCR反应管中。轻柔混匀后立即进行反转录反应。
反转录条件；37℃15min；85℃５sec；4℃24ｈ。经过反转录反应得到的cDNA浓度为50ng/μL，将反转录产物于４℃冰箱中保存.

2.实时定量PCR扩增

本试验应用CFX96TMReal-TimePCRDetectionSystem扩増仪的操作方法。使用TaKaRaSYBR⑧PremixExTaqTMⅡ（TLiRNaseHPlus）进行实时定量PCR扩增。

（1）实时定量PCR反应体系
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以上一步反转录获得的cDNA为模板，按表组份配制ＰＣＲ反应液(反应液配制在冰上进行）.以GAPDH基因作为参照基因,对样品中MyHCⅠ、MyHCⅡａ、MyHCⅡｂ、MyHCⅡｘ基因在RNA水平进行相对定量分析。目的基因与管家基因分别做３-４个平行样，每个岁龄的羊做10只平行，４次重复。
PCR反应体系如表：

（2)将配置好的反应体系装入12排八联管中,放入实时定量PCR仪中进行扩増。
设置ＰＣＲ反应条件为:

(3）经ＰＣＲ扩増反应后，将产物于４℃冰箱中保存.
3.PCR反应产物检验
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吸取2μL的PCR反应产物，加入6XLoadingBuffer混匀，点入1.0％琼脂糖凝胶点样孔中，120V电压电泳，用凝胶成像系统检测PCR反应产物的质量。

五、数据统计分析

实时定量PCR数据分析方法：本试验采用２—△△Ｃｔ法，计算公式：（１）相对表达量(foldchange）＝２—△△Ｃt；（２）△△Ｃｔ＝（Ｃｔ目的基因—Ｃt内参基因)处理组-(Ｃt目的基因-Ｃt内参基因）未处理组。

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1。紫外吸收法测定
先用稀释用的TE溶液将分光光度计调零。然后取少量RNA溶液用TE稀释（1:100