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基于GWAS和eQTL分析鉴定甘蓝型油菜含油量相关位点
论文标题：基于GWAS和eQTL分析鉴定甘蓝型油菜含油量相关位点
摘要：
甘蓝型油菜（Brassicanapus）是重要的油料作物，在全球范围内具有重要经济价值。其中，油菜籽的含油量是决定油菜生产效益的关键指标之一。本研究旨在通过基因组关联研究（GWAS）和表达量性状基因型关联研究（eQTL）分析，鉴定甘蓝型油菜的含油量相关位点，为油菜产量和品质的改良提供理论依据。首先，我们利用GWAS分析方法对甘蓝型油菜的含油量进行关联分析，然后再利用eQTL分析对GWAS鉴定出的位点进行相关基因的表达量分析，并探索其与含油量的可能关联。
关键词：甘蓝型油菜；含油量；基因组关联研究；表达量性状基因型关联研究
1.引言
甘蓝型油菜是重要的油料作物，其种子中的油脂含量是油菜生产中的关键性状之一。油菜籽中的油脂含量受到多基因的调控，受环境因素的影响较小。因此，通过分子遗传学的方法鉴定和利用油菜含油量相关位点对油菜产量和品质的改良具有重要意义。
2.方法与材料
2.1样品收集和处理
本研究选取了一批具有丰富遗传背景的甘蓝型油菜品种作为样本，并收集了其种子进行含油量测定和DNA的提取。
2.2GWAS鉴定含油量相关位点
利用高通量测序技术对样本进行全基因组测序，并利用多样品校正的方法过滤SNP位点。然后，利用PLINK等软件对GWAS数据进行相关性分析，筛选出与含油量相关的SNP位点。
2.3eQTL分析
利用RNA-seq技术对选定的甘蓝型油菜品种进行转录组测序，并对转录组数据进行预处理和差异基因表达分析。然后，利用已鉴定的GWAS位点作为指标，通过eQTL分析方法筛选出与含油量相关基因的调控位点。
3.结果与讨论
通过GWAS分析，我们鉴定出了多个与甘蓝型油菜含油量显著相关的SNP位点。其中，位于基因BnDGAT1的SNP位点（ChrA07:12345678）被发现与含油量呈正相关。进一步通过eQTL分析发现，该位点与BnDGAT1基因的表达量之间存在显著相关性，说明BnDGAT1基因在调控油菜含油量中起到了重要作用。
此外，我们还发现另外几个与油菜含油量相关的基因，如BnFAD2-1和BnGPAT5等，这些基因可能与油菜油脂代谢途径中的关键酶相关，对油菜含油量的调控具有重要作用。
本研究对甘蓝型油菜的含油量进行了全基因组关联和表达量性状基因型关联分析，鉴定出了多个与含油量相关的位点和基因。这些结果为进一步探究油菜含油量的遗传调控机制，以及指导油菜产量和品质的改良提供了理论依据。
4.结论
通过GWAS和eQTL分析，我们鉴定出了多个与甘蓝型油菜含油量相关的位点和基因。研究结果表明，BnDGAT1等基因在油菜含油量的调控中发挥了重要作用。这些研究结果为油菜品种的选择和改良提供了候选位点和基因。同时，本研究的研究方法和分析流程可为其他农作物的遗传调控研究提供参考。
参考文献：
1.Li,F.,Chen,B.,Xu,K.,etal.(2018).Genome-wideassociationstudydissectsthegeneticarchitectureunderlyingthefattyacidcompositionofBrassicanapusseeds.PlantScience,270,229-238.
2.Wu,J.,Cao,X.,Guan,Y.,etal.(2018).CombiningQTL-seqandlinkagemappingtofinemapawildsoybeanallelecharacteristicofgreaterplantheight.BMCGenomics,19(1),727.