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利用基因芯片进行基因表达谱分析RNA的检测:表达丰度，剪切体
DNA的检测：SNP，CGH，Methylation
cDNA芯片的主要用于：表达谱芯片，CGH
寡核苷酸芯片主要用于：诊断芯片，SNP分型芯片MoreMicroarrayApplications双色荧光系统单色荧光系统单通道和双通道的比较ExpressionAnalysisArrays（Affymetrix)UniquePM-MMProbeDesign.PM-MM探针设计的优势单链和双链探针基因芯片实验流程及方法cDNAmicroarray..AffymetrixExpressionAnalysisReverseTranscriptase实验过程样本制备mRNA的纯化方法逆转录：合成cDNA一链样本量...核苷酸的修饰方法生物素标记的dNTP：利用biotin-Streptavidinphycoerythrin[Fluorescentdye]的结合进行检测，标记探针稳定，不失活，并能配用多种检测系统，简单方便，扫描成本较低。
荧光素标记的dNTP：Cy3-的dNTP，Cy5-的dNTP
同位素标记的dNTP
aminoallyl（氨烯丙基）NTP：便宜，掺入DNA和RNA链的效率与未标记的NTP相同；检测的时候只需在它的氨基反应基团上偶联Cy系列的染料或其他染料；但实验误差大标记方法联合应用cDNA扩增和模板指导下的体外转录反应来完成线性扩增。
PCR方法：
同一用量和限制循环次数的条件下，通过RT-PCR可平行的扩增实验组和对照组的RNA样本以满足实验要求并同时进行荧光标记。基于T7的mRNA线性扩增：利用模板指导下的体外转录反应来完成线性扩增。该方法能从1～50ngmRNA分子出发扩增出足够数量的cDNA靶分子。这种扩增方法更具线性合成cDNA二链mRNAcRNA..FragmentationofbiotinylatedcRNA芯片杂交杂交过程原核生物样品原始图象文件(Cy3/Cy5)→定位
→栅格处理(griding)→数据自动提取
→数据入表达谱数据库
→原始数据标准化(normalization)

Ratio值分析Cluster分析

显著性表达差异基因具有相似表达谱基因Experimentgroup/control:
Hepacellularcarcinoma/Normalliver
假阴性：一般不关心，但也要看实验目的
假阳性：验证
基因芯片结果需要传统方法的验证
微珠寡聚核苷酸探针BeadProduction将微珠池内微珠倒入蚀刻光纤，微珠无序自组装进入小孔，每根光纤上带一个微珠
每种微珠大约有~30个重复
光纤束-微珠RandomBeadAssemblyGundersonetal.(2004)DecodingrandomlyorderedDNAarrays.GenomeResearch14,870-877.指数级解码每张芯片上每个微珠每个特性都被质控(100%QC)
位置和强度控制
有多少重复
小部分不合格地被捡出
是Illumina出厂前的生产步骤
每个芯片在出厂前已通过解码和质控
解码CD随芯片送至用户处DecodingQualityMetricsDecodingQualityMetricsBeadArrayFormatsBeadStation®扫描系统BeadArrayReaderAnalyticalFluorescentImage