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基于数据融合的转录组组装算法研究的任务书
任务书
题目：基于数据融合的转录组组装算法研究
一、任务概述
随着高通量测序技术的发展，RNA测序技术的应用越来越广泛。因此，对于生物信息学领域中的转录组组装等方面的研究也越来越受到关注。在单细胞RNA测序技术的推广下，如何处理来自不同细胞和不同实验批次的转录组数据变得越来越困难。因此，如何有效地整合这些来自不同来源的RNA测序数据，对于准确地分析转录组数据成为了一项具有挑战性的任务。
本任务旨在研究一个基于数据融合的转录组组装算法。该算法将利用核心的组装算法来处理来自不同细胞甚至不同实验来源的RNA测序数据，并将这些数据融合到一起，从而提高测序数据的可靠性。本任务的目标即为分析比较已有的转录组组装算法，设计一种新的基于数据融合的转录组组装算法，并进行相关的验证和评估。
二、任务要求
1.熟悉转录组数据的特点及其组装算法的原理和流程，熟悉RNA测序技术及其在转录组研究中的应用。
2.针对现有的转录组组装算法进行调研和分析，了解其他算法在数据融合方面的应用情况及优缺点。
3.设计一种新的基于数据融合的转录组组装算法，并对该算法的关键模块进行详细说明。
4.利用已有的转录组数据集进行测试和验证，并与其他算法进行比较和评估。
5.编写及完善相关的程序及文档，撰写论文或技术报告。
三、任务分工
1.项目组长：负责整个项目的总体规划和管理，负责任务书的起草和审核。
2.算法设计与算法实现：负责新算法的设计和实现，并将新算法与现有算法进行比较和分析，主要参与人员为1-2人。
3.数据采集和预处理：负责从公共数据库中搜集RNA测序数据，负责数据的预处理和格式化，主要参与人员为1人。
4.实验验证和结果分析：负责对算法进行实验验证，并进行结果分析和算法优化，主要参与人员为1-2人。
5.文档编写和排版：负责领导完成论文或技术报告的撰写和排版，主要参与人员为1人。
四、任务进度及具体内容
1.熟悉转录组数据和RNA测序技术，完成相关读物的阅读和观看，熟悉转录组组装算法的原理和流程，及其在转录组研究中的应用情况。
2.调研和分析已有的转录组组装算法，并了解其他算法在数据融合方面的应用情况及优缺点，进行算法分析和比较。
3.设计新的基于数据融合的转录组组装算法，编写程序，进行模块测试，并进行算法效率测试和分析。
4.将新算法和现有算法进行比较和分析，并利用已有的转录组数据集进行测试和验证，并与其他算法进行比较和评估。
5.论文或技术报告的撰写与排版，完成细节处理，按教师要求提交成果物。
五、预期成果
1.设计一种新的基于数据融合的转录组组装算法，并在实验验证中证明其有效性。
2.对已有的转录组组装算法进行调研和分析，并提出改进意见和建议，为转录组组装算法的优化提供科学依据。
3.撰写一篇具备学术水平的论文或技术报告，介绍本项目的研究意义、研究背景、研究方法、重要结果及其意义。该论文或技术报告应能表达出自己对转录组组装算法的深刻理解和独特见解，并能提供有关新算法实现和优化方法的说明和指导。
4.形成完整的项目文档和源代码，代码必须通过可读性、标准性和鲁棒性等多个方面的检验，论文或技术报告需进行完整性、准确性和规范性的检验，以保证项目交付的质量。
六、参考文献
1.李凯.转录组组装算法的研究[J].生命科学仪器,2017(3):22-26.
2.PatroR,DuggalG,LoveMI,etal.Salmon:fastandbias-awarequantificationoftranscriptexpressionusingdual-phaseinference[J].NatureMethods,2017,14(4):417-419.
3.RobertsA,PachterL.Streamingfragmentassignmentforreal-timeanalysisofsequencingexperiments[J].NatureMethods,2013,10(1):71-73.
4.HuangJ,YangY,LuX.TranscriptomeassemblyandquantificationbyRNA-SeqrevealsdifferentiallyexpressedgenesinvolvedinfruitdevelopmentofFragaria×ananassa[J].PeerJ,2018,6:e4992.
5.DavidsonNM,OshlackA.Corset:enablingdifferentialgeneexpressionanalysisfordenovoassembledtranscriptomes[J].GenomeBiology,2014,15(7):410.
（以上参考文献仅供参考，