基于PacBio RS Ⅱ和NGS的甘蓝型油菜可变剪接分析的任务书.docx

基于PacBioRSⅡ和NGS的甘蓝型油菜可变剪接分析的任务书
一、任务背景
甘蓝型油菜（BrassicanapusL）是我国种植量较大的油料作物之一，其油质优良，营养丰富，广泛应用于油脂、化妆品等领域，具有广泛的市场前景。然而，由于油菜基因组复杂，存在大量的可变剪接事件，对油菜的基因功能的解析以及分子生物学研究造成了困难。
PacBioRSⅡ和NGS是目前常用的高通量测序技术，能够更全面、深入地解析油菜的可变剪接事件。因此，本次任务旨在通过基于PacBioRSⅡ和NGS的甘蓝型油菜可变剪接分析，探究油菜的基因功能及分子生物学机制。
二、任务内容及步骤
1.RNA提取、样品制备
样品收集并取得授权后，从甘蓝型油菜中提取总RNA并进行质量检测，调整RNA浓度、纯度和完整性。
2.PacBioRSⅡ和NGS测序
以ISO-Seq和IlluminaHiSeqXTen为代表的PacBioRSⅡ和NGS平台进行RNA测序。利用PacBioRSⅡ技术分析长读序列，选择权威软件进行数据处理和纠错，得出基因组长读序列；利用NGS对反应比为相等的cDNA进行双端测序，获得短读序列。
3.双端序列拼接和可变剪接分析
将NGS短读序列拼接成长序列，并对数据进行质控。根据PacBioRSⅡ和NGS测序结果进行可变剪接分析，获取油菜基因组的可变剪接事件信息。
4.可变剪接事件注释和功能分析
利用组学数据库和功能注释工具，对油菜中的可变剪接事件进行注释和功能分析，分析其中涉及到的基因及其功能。
5.结果解读和讨论
通过结果解读和讨论，得出对甘蓝型油菜可变剪接事件的整体认识和对其基因功能及分子生物学机制的理解。
三、任务要求和考核方式
1.完成RNA提取与测序，数据处理和分析，完成可变剪接事件注释和功能分析等各项分析工作，并得到科学的、严谨的结果解读和讨论。
2.根据任务完成的情况进行评分，包括数据处理和分析的准确度、分析结果的科学性和严谨性以及对分析结果的合理解读和讨论。
3.要求文献资料详实且相对权威可靠，数据在完成分析后进行整理，报告撰写规范且体现语言的准确性和科学性。
考核方式：根据数据分析和整理报告的需求，结合小组交流和个人表达情况的反馈，进行评分和综合评估。
四、任务时间
本次任务时间为两周，分为数据处理和分析、结果讨论和撰写报告等阶段，具体时间和安排以小组讨论为准。
五、参考文献
1.Fangdong,H.,Meixia,W.,etal.IdentificationandfunctionalannotationofalternativesplicingeventsindifferentfloweringstagesofsoybeanbasedonRNA-seqanalysis.PlantPhysiologyandBiochemistry.2020,149,127-137.
2.Srinivasan,P.,Libbrecht,M.W.,etal.DetectionandquantificationofalternativelysplicedtranscriptsusingPacBiolong-readsequencing.Methods.2020,S1046-2023(20)30118-3.
3.Wang,H.,Wu,S.,etal.Genome-wideanalysisofalternativesplicingeventsinBrassicanapusunderdroughtstress.Genomics.2020,S0888-7543(20)30628-1.